预测淋巴瘤对药物的反应性的方法以及治疗淋巴瘤的方法与流程

1.一种用于预测淋巴瘤患者对癌症治疗的反应性的方法，该方法包括：

2.如权利要求1所述的方法，该方法进一步包括向该淋巴瘤患者施用第二癌症治疗。

3.如权利要求1或2所述的方法，其中步骤(a)包括生成定义这些参考生物样品中该至少一种基因表达水平之间关系的聚类信息，并基于该聚类信息重新排列热图展示。

4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中步骤(a)采用分层方法或非分层方法。

5.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中步骤(a)使用iclusterplus方法。

6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中这些参考淋巴瘤患者被聚类至2-12个亚组中。

7.如权利要求6所述的方法，其中这些参考淋巴瘤患者被聚类至7个亚组中。

8.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中该方法进一步包括使用这些参考生物样品中该至少一种基因的表达水平训练分类器模型。

9.如权利要求1-8中任一项所述的方法，其中该至少一种基因选自表1的基因，任选地其中该至少一种基因包含表1的五种或更多种基因。

10.如权利要求9所述的方法，其中该至少一种基因包含表1的所有基因。

11.如权利要求8—10中任一项所述的方法，其中该分类器模型是分组多项式广义线性模型(glm)。

12.如权利要求8—11中任一项所述的方法，其中该分类器模型是二元模型。

13.如权利要求8-12中任一项所述的方法，其中该方法进一步包括为步骤(a)的至少一个亚组设置阈值置信水平，以从该至少一个亚组中排除得出较低置信水平聚类数据的患者。

14.如权利要求1-13中任一项所述的方法，其中该淋巴瘤选自由以下组成的组：弥漫性大b细胞淋巴瘤(dlbcl)、惰性b细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、小淋巴细胞性淋巴瘤、淋巴结边缘区b细胞淋巴瘤、淋巴浆细胞性淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤、原发性皮肤型淋巴瘤、蕈样肉芽肿、慢性淋巴细胞性白血病和套细胞淋巴瘤。

15.如权利要求14所述的方法，其中该淋巴瘤是dlbcl。

16.如权利要求14所述的方法，其中该淋巴瘤是惰性b细胞淋巴瘤、淋巴结边缘区b细胞淋巴瘤、套细胞淋巴瘤或慢性淋巴细胞性白血病。

17.根据权利要求1—16中任一项所述的方法，其中该参考患者组中的这些参考患者被聚类至亚组a1-a7中，并且其中：

18.如权利要求1-17中任一项所述的方法，其中该第一癌症治疗是使用利妥昔单抗、环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和强的松(r—chop)的联合治疗。

19.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中当确定该淋巴瘤患者属于亚组a1时，该方法包括预测该患者不太可能对该第一癌症治疗有反应。

20.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中当确定该淋巴瘤患者属于亚组a2时，该方法包括预测该患者不太可能对该第一癌症治疗有反应。

21.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中当确定该淋巴瘤患者属于亚组a3时，该方法包括预测该患者不太可能对该第一癌症治疗有反应。

22.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中当确定该淋巴瘤患者属于亚组a4时，该方法包括预测该患者不太可能对该第一癌症治疗有反应。

23.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中当确定该淋巴瘤患者属于亚组a5时，该方法包括预测该患者不太可能对该第一癌症治疗有反应。

24.如权利要求1—18中任一项所述的方法，其中当确定该淋巴瘤患者属于亚组a6时，该方法包括预测该患者不太可能对该第一癌症治疗有反应。

25.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中当确定该淋巴瘤患者属于亚组a7时，该方法包括预测该患者不太可能对该第一癌症治疗有反应。

26.如权利要求2-25中任一项所述的方法，其中该第二癌症治疗是r-chop。

27.如权利要求2-25中任一项所述的方法，其中该第二癌症治疗不是r-chop。

28.如权利要求27所述的方法，其中该第二癌症治疗是溴结构域和超末端(bet)抑制剂或细胞周期蛋白依赖性激酶(cdk)抑制剂。

29.一种用于预测淋巴瘤患者对癌症治疗的反应性的方法，该方法包括：

30.一种用于预测淋巴瘤患者对癌症治疗的反应性的方法，该方法包括：

31.一种治疗淋巴瘤患者的方法，该方法包括：

32.一种治疗淋巴瘤患者的方法，该方法包括：

33.如权利要求30-32中任一项所述的方法，其中该癌症治疗是r-chop。

34.根据权利要求32所述的方法，其中该替代癌症治疗是bet抑制剂或cdk抑制剂。

35.如权利要求28-34中任一项所述的方法，其中该淋巴瘤选自由以下组成的组：dlbcl、惰性b细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、小淋巴细胞性淋巴瘤、淋巴结边缘区b细胞淋巴瘤、淋巴浆细胞性淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤、原发性皮肤型淋巴瘤、蕈样肉芽肿、慢性淋巴细胞性白血病和套细胞淋巴瘤。

36.如权利要求35所述的方法，其中该淋巴瘤是dlbcl。

37.如权利要求35所述的方法，其中该淋巴瘤是dlbcl、惰性b细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、淋巴结边缘区b细胞淋巴瘤、套细胞淋巴瘤或慢性淋巴细胞性白血病。

38.如权利要求29-37中任一项所述的方法，其中表1的全部基因的表达水平在(a)中确定并在(b)中进行比较。

39.如权利要求1—38中任一项所述的方法，其中这些生物样品是肿瘤活检样品。

40.如权利要求1-39中任一项所述的方法，其中确定该至少一种基因的表达水平包括检测这些生物样品中的至少一种复合物的存在或量，其中该至少一种复合物的存在或量指示该至少一种基因的表达水平。

41.根据权利要求40所述的方法，其中该至少一种复合物是杂交复合物。

42.根据权利要求40所述的方法，其中该至少一种复合物被可检测地标记。

43.如权利要求1-39中任一项所述的方法，其中确定该至少一种基因的表达水平包括检测这些生物样品中的至少一种反应产物的存在或量，其中该至少一种反应产物的存在或量指示该至少一种基因的表达水平。

44.如权利要求43所述的方法，其中该至少一种反应产物被可检测地标记。

45.如权利要求1-44中任一项所述的方法，其中该参考淋巴瘤患者是难治性dlbcl患者、复发性dlbcl患者或新诊断的dlbcl患者。

46.如权利要求1-45中任一项所述的方法，其中该淋巴瘤患者是难治性dlbcl患者、复发性dlbcl患者或新诊断的dlbcl患者。

47.如权利要求1-46中任一项所述的方法，其中该淋巴瘤患者是gcb dlbcl患者或abcdlbcl患者。

48.如权利要求1-47中任一项所述的方法，其中该淋巴瘤患者是dhitsig+dlbcl患者或dhitsig-dlbcl患者。