预测淋巴瘤对药物的反应性的方法以及治疗淋巴瘤的方法与流程

1.本文提供了预测淋巴瘤患者对癌症治疗的反应性的方法。本文还提供了基于预测淋巴瘤患者对癌症治疗的反应性来治疗淋巴瘤患者的方法。

背景技术：

0、2.背景技术

1、非霍奇金淋巴瘤(nhl)是一组多样化的血液癌症，包括除霍奇金淋巴瘤以外的任何类型的淋巴瘤。各类型的nhl在严重程度方面差异巨大，从惰性到高度侵袭性。侵袭性较低的非霍奇金淋巴瘤可伴随有较长的生存期，而侵袭性较高的非霍奇金淋巴瘤如不治疗可迅速致命。它们可由b细胞或t细胞形成。b细胞非霍奇金淋巴瘤包括伯基特淋巴瘤、慢性淋巴细胞性白血病/小淋巴细胞性淋巴瘤(cll/sll)、弥漫性大b细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、免疫母细胞大细胞淋巴瘤、前体b淋巴母细胞性淋巴瘤和套细胞淋巴瘤。t细胞非霍奇金淋巴瘤包括蕈样肉芽肿、间变性大细胞淋巴瘤和前体t淋巴母细胞性淋巴瘤。预后和治疗取决于疾病的分期和类型。

2、弥漫性大b细胞淋巴瘤(dlbcl)约占非霍奇金淋巴瘤的三分之一。虽然一些dlbcl患者通过传统化疗已治愈，但其余患者则死于该疾病。抗癌药可能通过在成熟t和b细胞中直接诱导细胞凋亡来实现快速和持续地耗竭淋巴细胞。参见stahnke等人，blood[血液]，2001，98：3066-3073。

3、弥漫性大b细胞淋巴瘤(dlbcl)可根据其基因谱分析模式分为不同的分子亚型：生发中心b细胞样dlbcl(gcb-dlbcl)、活化b细胞样dlbcl(abc-dlbcl)和原发性纵隔b细胞淋巴瘤(pmbl)或未分类类型。这些亚型的特征在于生存率、化疗反应性和信号传导通路(特别是nf-κb通路)依赖性方面存在明显差异。参见kim等人，journal of clinical oncology[临床肿瘤学杂志]，2007asco年会论文集第1部分第25卷，第18s期(6月20日增刊)，2007：8082。参见bea等人，blood[血液]，2005；106：3183-3190；ngo等人，nature[自然]，2011；470：115-119。这样的差异促使人们在dlbcl中寻找更有效的亚型特异性治疗策略。

4、一般而言，当前的癌症疗法可涉及手术、化疗、激素疗法和/或放射治疗，以根除患者体内的赘生性细胞(参见，例如，stockdale，1998，medicine[医学]，第3卷，rubenstein和federman编辑，第12章，第1v节)。最近，癌症疗法还可能涉及生物疗法或免疫疗法。所有这些方法对患者而言都有显著的缺点。例如，由于患者的健康状况，手术可能是禁忌的，或可能是患者不可接受的。此外，手术可能无法完全去除肿瘤组织。放射疗法仅在肿瘤组织对放射的敏感性高于正常组织时才有效。此外，放射疗法可能会经常引起严重的副作用。激素疗法很少作为单药剂使用。虽然激素疗法可能有效，但它经常用于在其他治疗已去除大部分癌细胞之后预防或延迟癌症的复发。生物疗法和免疫疗法的数量有限并可能产生副作用，例如皮疹或肿胀、流感样症状(包括发热、寒战和疲劳)、消化道问题或过敏反应。

5、在dlbcl的背景下，治疗通常包括施用化疗和抗体疗法的组合。最广泛使用的针对dlbcl的治疗是抗体利妥昔单抗(美罗华)和化疗药物(环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和强的松(r-chop)的组合，并且在某些情况下添加依托泊苷(r-epoch))。由于该疾病可能进展很快，dlbcl在诊断后还通常需要立即治疗。对于某些患者来说，dlbcl在治疗后会复发或变为难治性疾病。在新诊断的、复发性或难治性dlbcl患者的临床试验中，当前正在测试几种替代性治疗，其中一些可能包括使用来那度胺。参见czuczman等人，clin cancer res.[临床癌症研究]，2017，23：4127-4137。

6、在非霍奇金淋巴瘤中也存在惰性淋巴瘤的类型。惰性b细胞淋巴瘤包括，例如，滤泡性淋巴瘤、小淋巴细胞性淋巴瘤；淋巴结边缘区b细胞淋巴瘤、淋巴浆细胞性淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤、原发性皮肤型和蕈样肉芽肿。b细胞惰性淋巴瘤患者的临床病程具有一些特征，其中之一在于组织学转化(ht)为侵袭性淋巴瘤的风险，主要是转为dlbcl，不太常见的是转为伯基特淋巴瘤(bl)或其他类型的侵袭性淋巴瘤。参见montoto等人，journal ofclinical oncology[临床肿瘤学杂志]，2011，29：1827-1834。

7、由于淋巴瘤(特别是dlbcl)的临床和生物学异质性，迫切需要有效的方法对dlbcl亚型进行分类，以实施特定的治疗。dlbcl在传统上基于肿瘤基因表达谱的起源细胞(coo)亚类进行分类，包括活化b细胞(abc)和生发中心b细胞(gcb)亚型。参见alizadeh等人，nature[自然]，2000，403：503-511；wright等人，proc.natl.acad.sci.u.s.a.[美国国家科学院院刊]，2003，100：9991-9996；scott等人，blood[血液]，2014，123：1214-1217。gcb和abc亚型具有不同的致病机制，在靶向治疗中可能会影响dlbcl患者的结局。参见nyman等人，mod.pathol.[现代病理学]，2009，22：1094-1101；hans等人，blood[血液]，2004，103：275-282；choi等人，clin.cancer res.[临床癌症研究】，2009，15：5494-5502；meyer等人，jclin oncol.[临床肿瘤学杂志]，2011，29：200-207；natkunam等人，j clin oncol.[临床肿瘤学杂志]，2008，26：447-454。

8、最近，新的分类模型使用来自r-chop治疗的患者的肿瘤样品，重点关注了dna改变。参见例如，schmitz等人，n engl j med.[新英格兰医学杂志]，2018，378(15)：1396-1407。然而，尚未实现能够使用新诊断(nd)和复发性/难治性(r/r)dlbcl两者的转录组学数据的全面综合方法。本发明满足了这一需要和其他需要。

9、3.
技术实现要素：

10、在一方面，本文提供了一种用于预测淋巴瘤患者对癌症治疗的反应性的方法，该方法包括：(a)使用这些参考淋巴瘤患者的参考生物样品中至少一种基因的表达水平，将参考患者组中的参考淋巴瘤患者聚类至亚组中；(b)基于该淋巴瘤患者的生物样品中该至少一种基因的表达水平，确定该淋巴瘤患者所属的亚组；以及(c)基于该淋巴瘤患者的亚组预测该淋巴瘤患者对第一癌症治疗的反应性。

11、在一些实施例中，该方法进一步包括向该淋巴瘤患者施用第二癌症治疗。

12、在一些实施例中，该方法的步骤(a)进一步包括生成定义这些参考生物样品中该至少一种基因表达水平之间关系的聚类信息并基于该聚类信息重新排列热图展示。

13、在一些实施例中，该方法的步骤(a)使用分层方法或非分层方法。在另一方面，步骤(a)使用iclusterplus方法。

14、在一些实施例中，这些参考淋巴瘤患者被聚类至2-12个亚组中。

15、在一些实施例中，这些参考淋巴瘤患者被聚类至7个亚组中。

16、在一些实施例中，该方法进一步包括使用参考生物样品中至少一种基因的表达水平训练分类器模型。

17、在一些实施例中，该至少一种基因选自表1的基因。

18、在一些实施例中，该至少一种基因包含表1的五种或更多种基因。

19、在一些实施例中，该至少一种基因包含表1的所有基因。

20、在一些实施例中，该分类器模型是分组多项式广义线性模型(glm)。

21、在一些实施例中，该分类器模型是二元模型。

22、在一些实施例中，该方法进一步包括为步骤(a)的至少一个亚组设置阈值置信水平，以从该至少一个亚组中排除得出较低置信水平聚类数据的患者。

23、在一些实施例中，该淋巴瘤选自由以下组成的组：弥漫性大b细胞淋巴瘤(dlbcl)、惰性b细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、小淋巴细胞性淋巴瘤、淋巴结边缘区b细胞淋巴瘤、淋巴浆细胞性淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤、原发性皮肤型淋巴瘤、蕈样肉芽肿、慢性淋巴细胞性白血病和套细胞淋巴瘤。

24、在一些实施例中，该淋巴瘤是dlbcl。

25、在一些实施例中，该淋巴瘤是惰性b细胞淋巴瘤、淋巴结边缘区b细胞淋巴瘤、套细胞淋巴瘤或慢性淋巴细胞性白血病。

26、在一些实施例中，该参考患者组中的参考患者被聚类至亚组a1-a7中，并且其中：亚组a1包含约50％至约60％的生发中心b细胞样(gcb)dlbcl患者、约30％至约40％的活化b细胞样(abc)dlbcl患者、约10％至约20％的tme+dlbcl患者和约30％至约40％的dhitsig+dlbcl患者；(ii)亚组a2包含约80％至约90％的gcb dlbcl患者、约0％至约5％的abc dlbcl患者、约15％至约25％的tme+dlbcl患者和约25％至约35％的dhitsig+dlbcl患者；(iii)亚组a3包含约40％至约55％的gcb dlbcl患者、约30％至约45％的abc dlbcl患者、约40％至约50％的tme+dlbcl患者和约20％至约30％的dhitsig+dlbcl患者；(iv)亚组a4包含约25％至约35％的gcb dlbcl患者、约40％至约50％的abc dlbcl患者、约30％至约40％的tme+dlbcl患者和约10％至约20％的dhitsig+dlbcl患者；(v)亚组a5包含约20％至约40％的gcbdlbcl患者、约45％至约65％的abc dlbcl患者、约30％至约40％的tme+dlbcl患者和约0％至约10％的dhitsig+dlbcl患者；(vi)亚组a6包含约30％至约40％的gcb dlbcl患者、约40％至约50％的abc dlbcl患者、约75％至约95％的tme+dlbcl患者和约0％至约10％的dhitsig+dlbcl患者；并且(vii)亚组a7包含约0％至约10％的gcb dlbcl患者、约80％至约90％的abc dlbcl患者、约0％至约10％的tme+dlbcl患者和约0％至约15％的dhitsig+dlbcl患者。

27、在一些实施例中，第一癌症治疗是使用利妥昔单抗、环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和强的松(r-chop)的联合治疗。

28、在一些实施例中，当确定该淋巴瘤患者属于亚组a1时，该方法包括预测该患者不太可能对第一癌症治疗有反应。

29、在一些实施例中，当确定该淋巴瘤患者属于亚组a2时，该方法包括预测该患者不太可能对第一癌症治疗有反应。

30、在一些实施例中，当确定该淋巴瘤患者属于亚组a3时，该方法包括预测该患者不太可能对第一癌症治疗有反应。

31、在一些实施例中，当确定该淋巴瘤患者属于亚组a4时，该方法包括预测该患者不太可能对第一癌症治疗有反应。

32、在一些实施例中，当确定该淋巴瘤患者属于亚组a5时，该方法包括预测该患者不太可能对第一癌症治疗有反应。

33、在一些实施例中，当确定该淋巴瘤患者属于亚组a6时，该方法包括预测该患者不太可能对第一癌症治疗有反应。

34、在一些实施例中，当确定该淋巴瘤患者属于亚组a7时，该方法包括预测该患者不太可能对第一癌症治疗有反应。

35、在一些实施例中，第二癌症治疗是r-chop。

36、在一些实施例中，第二癌症治疗不是r-chop。

37、在一些实施例中，第二癌症治疗是溴结构域和超末端(bet)抑制剂或细胞周期蛋白依赖性激酶(cdk)抑制剂。

38、在一方面，本文提供了一种用于预测淋巴瘤患者对癌症治疗的反应性的方法，该方法包括：(a)在来自淋巴瘤患者的生物样品中，确定表1的至少一种基因的表达水平；(b)将步骤(a)的该至少一种基因的表达水平与来自参考淋巴瘤患者的参考生物样品中的该至少一种基因的表达水平进行比较，其中该参考淋巴瘤患者对该癌症治疗有反应，并且其中如果该生物样品中的该至少一种基因的表达水平与该参考生物样品中的该至少一种基因的表达水平相似，则表明该淋巴瘤患者不太可能对该癌症治疗有反应。

39、在一些实施例中，该至少一种基因包含表1的五种或更多种基因。

40、在一方面，本文提供了一种用于预测淋巴瘤患者对癌症治疗的反应性的方法，该方法包括：(a)在淋巴瘤患者的生物样品中，确定表1的至少一种基因的表达水平；以及(b)将该生物样品中的该至少一种基因的表达水平与以下各项进行比较：(i)对该癌症治疗有反应的淋巴瘤患者的生物样品中该至少一种基因的表达水平和(ii)对该癌症治疗无反应的淋巴瘤患者的生物样品中该至少一种基因的表达水平，其中如果(a)的表达水平与(i)的表达水平相似，则表明第一淋巴瘤患者可能对该癌症治疗有反应；并且如果(a)的该表达水平与(ii)的该表达水平相似，则表明该第一淋巴瘤患者不太可能对该癌症治疗有反应。

41、在一方面，本文提供了一种治疗淋巴瘤患者的方法，该方法包括：(i)鉴定可能对癌症治疗有反应的淋巴瘤患者；以及(ii)向该淋巴瘤患者施用该癌症治疗。

42、在一方面，本文提供了一种治疗淋巴瘤患者的方法，该方法包括：(i)鉴定不太可能对癌症治疗有反应的淋巴瘤患者；以及(ii)向该淋巴瘤患者施用替代癌症治疗。

43、在一些实施例中，该癌症治疗是r-chop。

44、在一些实施例中，该替代癌症治疗是bet抑制剂或cdk抑制剂。

45、在一些实施例中，该淋巴瘤选自由以下组成的组：dlbcl、惰性b细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、小淋巴细胞性淋巴瘤、淋巴结边缘区b细胞淋巴瘤、淋巴浆细胞性淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤、原发性皮肤型淋巴瘤、蕈样肉芽肿、慢性淋巴细胞性白血病和套细胞淋巴瘤。

46、在一些实施例中，该淋巴瘤是dlbcl。

47、在一些实施例中，该淋巴瘤是dlbcl、惰性b细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、淋巴结边缘区b细胞淋巴瘤、套细胞淋巴瘤或慢性淋巴细胞性白血病。

48、在一些实施例中，表1的所有基因的表达水平如本文所述在(a)中确定并在(b)中进行比较。

49、在一些实施例中，这些生物样品是肿瘤活检样品。

50、在一些实施例中，确定至少一种基因的表达水平包括检测生物样品中的至少一种复合物的存在或量，其中该至少一种复合物的存在或量指示该至少一种基因的表达水平。

51、在一些实施例中，该至少一种复合物是杂交复合物。

52、在一些实施例中，该至少一种复合物被可检测地标记。

53、在一些实施例中，确定至少一种基因的表达水平包括检测生物样品中的至少一种反应产物的存在或量，其中该至少一种反应产物的存在或量指示该至少一种基因的表达水平。

54、在一些实施例中，该至少一种反应产物被可检测地标记。

55、在一些实施例中，该参考淋巴瘤患者是难治性dlbcl患者、复发性dlbcl患者或新诊断的dlbcl患者。

56、在一些实施例中，该淋巴瘤患者是难治性dlbcl患者、复发性dlbcl患者或新诊断的dlbcl患者。

57、在一些实施例中，该淋巴瘤患者是gcb dlbcl患者或abc dlbcl患者。

58、在一些实施例中，该淋巴瘤患者是dhitsig+dlbcl患者或dhitsig-dlbcl患者。

技术实现思路