用于转座货物核苷酸序列的系统和方法与流程

1.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸中的靶核酸位点中的系统，所述系统包括：

2.根据权利要求1所述的系统，其中所述cas效应子复合物与所述重组酶或转座酶复合物非共价地结合。

3.根据权利要求1所述的系统，其中所述cas效应子复合物与所述重组酶或转座酶复合物共价地连接。

4.根据权利要求1所述的系统，其中所述cas效应子复合物与所述重组酶或转座酶复合物融合。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的系统，其中所述货物核苷酸序列侧接有由所述重组酶或转座酶复合物识别的左侧转座酶识别序列和右侧转座酶识别序列。

6.根据权利要求5所述的系统，其中所述左侧重组酶序列包括与seq id no:17-18中的任一者具有至少80％同一性的序列。

7.根据权利要求5中任一项所述的系统，其中所述右侧重组酶序列包括与seq id no:19具有至少80％同一性的序列。

8.根据权利要求1至7所述的系统，其中所述靶核酸包括与所述cas效应子复合物相容的pam序列。

9.根据权利要求8所述的系统，其中所述pam序列位于距所述靶核酸位点约50个至约70个碱基对处。

10.根据权利要求9所述的系统，其中所述pam序列位于所述靶核酸位点的3'。

11.根据权利要求9所述的系统，其中所述pam序列位于所述靶核酸位点的5'。

12.根据权利要求1至11中任一项所述的系统，其中所述2类ii型cas效应子不是cas12k效应子。

13.根据权利要求1至11中任一项所述的系统，其中所述2类ii型cas效应子包括包含与seq id no:1具有至少80％同一性的序列的多肽。

14.根据权利要求1至11中任一项所述的系统，其中所述2类ii型cas效应子包括包含与seq id no:1具有至少90％同一性的序列的多肽。

15.根据权利要求1至11中任一项所述的系统，其中所述2类ii型cas效应子包括包含seq id no:1的序列的多肽。

16.根据权利要求1至15中任一项所述的系统，其中所述重组酶或转座酶复合物包括至少一种包括与seq id no:2-5中的任一者具有至少80％同一性的序列的多肽。

17.根据权利要求1至15中任一项所述的系统，其中所述重组酶或转座酶复合物包括至少一种包括与seq id no:2-5中的任一者具有至少90％同一性的序列的多肽。

18.根据权利要求1至17中任一项所述的系统，其中所述重组酶或转座酶复合物包括至少一种包括seq id no:2-5中的任一者的序列的多肽。

19.根据权利要求1至18中任一项所述的系统，其中所述工程化向导多核苷酸包括包含与seq id no:12具有至少80％同一性的至少约46-80个连续核苷酸的序列。

20.根据权利要求1至18中任一项所述的系统，其中所述工程化向导多核苷酸包括与seq id no:11具有至少80％序列同一性的序列。

21.根据权利要求1至20中任一项所述的系统，其中所述小原核核糖体蛋白亚基s15包括与seq id no:494-659中的任一者中的任一者具有至少80％序列同一性的序列。

22.根据权利要求1至21中任一项所述的系统，其中所述2类ii型cas效应子和所述重组酶或转座酶复合物由包括少于约10千碱基的多核苷酸序列编码。

23.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸中的靶核酸位点中的系统，所述系统包括：

24.根据权利要求23所述的系统，其中所述cas效应子复合物与所述tn7型转座酶复合物非共价地结合。

25.根据权利要求23所述的系统，其中所述cas效应子复合物与所述tn7型转座酶复合物共价地连接。

26.根据权利要求23所述的系统，其中所述cas效应子复合物与所述tn7型转座酶复合物融合。

27.根据权利要求23至26中任一项所述的系统，其中所述货物核苷酸序列侧接有由所述重组酶或转座酶复合物识别的左侧转座酶识别序列和右侧转座酶识别序列。

28.根据权利要求27所述的系统，其中所述左侧重组酶序列包括与seq id no:20中的任一者具有至少80％同一性的序列。

29.根据权利要求27所述的系统，其中所述右侧重组酶序列包括与seq id no:21具有至少80％同一性的序列。

30.根据权利要求23至29中任一项所述的系统，其中所述靶核酸包括与所述cas效应子复合物相容的pam序列。

31.根据权利要求30所述的系统，其中所述pam序列位于距所述靶核酸位点约50个至约70个碱基对处。

32.根据权利要求31所述的系统，其中所述pam序列位于所述靶核酸位点的3'。

33.根据权利要求31所述的系统，其中所述pam序列位于所述靶核酸位点的5'。

34.根据权利要求23至33中任一项所述的系统，其中所述2类v型cas效应子不是cas12k效应子。

35.根据权利要求23至34中任一项所述的系统，其中所述tnsa组分包括包含与seq idno:7具有至少80％同一性的序列的多肽。

36.根据权利要求23至25中任一项所述的系统，其中所述tn7型转座酶复合物包括至少一种包括与seq id no:8-10中的任一者具有至少80％同一性的序列的多肽。

37.根据权利要求23至36中任一项所述的系统，其中所述工程化向导多核苷酸包括包含与seq id no:13-16中的任一者具有至少80％同一性的至少约46-80个连续核苷酸的序列。

38.根据权利要求23至37中任一项所述的系统，其中所述小原核核糖体蛋白亚基s15包括与seq id no:494-659中的任一者中的任一者具有至少80％序列同一性的序列。

39.根据权利要求23至38中任一项所述的系统，其中所述2类ii型cas效应子和所述重组酶或转座酶复合物由包括少于约10千碱基的多核苷酸序列编码。

40.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸中的靶核酸位点中的系统，所述系统包括：

41.根据权利要求40所述的系统，其中所述cas效应子复合物与所述tn7型转座酶复合物非共价地结合。

42.根据权利要求40所述的系统，其中所述cas效应子复合物与所述tn7型转座酶复合物共价地连接。

43.根据权利要求40所述的系统，其中所述cas效应子复合物与所述tn7型转座酶复合物融合。

44.根据权利要求40至43中任一项所述的系统，其中所述货物核苷酸序列侧接有由所述重组酶或转座酶复合物识别的左侧转座酶识别序列和右侧转座酶识别序列。

45.根据权利要求44所述的系统，其中所述左侧重组酶序列包括与seq id no:136和138中的任一者具有至少80％同一性的序列。

46.根据权利要求44中任一项所述的系统，其中所述右侧重组酶序列包括与seq idno:137和139具有至少80％同一性的序列。

47.根据权利要求40至46所述的系统，其中所述靶核酸包括与所述cas效应子复合物相容的pam序列。

48.根据权利要求47所述的系统，其中所述pam序列位于距所述靶核酸位点约50个至约70个碱基对处。

49.根据权利要求48所述的系统，其中所述pam序列位于所述靶核酸位点的3'。

50.根据权利要求48所述的系统，其中所述pam序列位于所述靶核酸位点的5'。

51.根据权利要求40至50中任一项所述的系统，其中所述1类i-f型cas效应子包括包含与seq id no:41-43和48-50中的任一者具有至少80％同一性的序列的多肽。

52.根据权利要求40至50中任一项所述的系统，其中所述1类i-f型cas效应子包括包含与seq id no:41-43和48-50中的任一者具有至少90％同一性的序列的多肽。

53.根据权利要求40至50中任一项所述的系统，其中所述1类i-f型cas效应子包括包含seq id no:41-43和48-50中的任一者的序列的多肽。

54.根据权利要求40至53中任一项所述的系统，其中所述tn7型转座酶复合物包括至少一种包括与seq id no:44-47和51-54中的任一者具有至少80％同一性的序列的多肽。

55.根据权利要求40至53中任一项所述的系统，其中所述tn7型转座酶复合物包括至少一种包括与seq id no:44-47和51-54中的任一者具有至少90％同一性的序列的多肽。

56.根据权利要求40至53中任一项所述的系统，其中所述tn7型转座酶复合物包括至少一种包括seq id no:44-47和51-54中的任一者的序列的多肽。

57.根据权利要求40至56中任一项所述的系统，其中所述小原核核糖体蛋白亚基s15包括与seq id no:494-659中的任一者中的任一者具有至少80％序列同一性的序列。

58.根据权利要求40至57中任一项所述的系统，其中所述2类ii型cas效应子和所述重组酶或转座酶复合物由包括少于约10千碱基的多核苷酸序列编码。

59.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸中的靶核酸位点中的系统，所述系统包括：

60.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸位点中的系统，所述系统包括：

61.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸中的靶核酸位点中的系统，所述系统包括：

62.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸中的靶核酸位点中的系统，所述系统包括：

63.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸中的靶核酸位点中的系统，所述系统包括：

64.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸位点中的系统，所述系统包括：

65.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸中的靶核酸位点中的系统，所述系统包括：

66.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸中的靶核酸位点中的系统，所述系统包括：

67.根据权利要求59至66中任一项所述的系统，其中所述2类v型cas效应子是cas12k效应子。

68.根据权利要求59至67中任一项所述的系统，其中所述靶核酸包括与所述cas效应子复合物相容的pam序列。

69.根据权利要求68所述的系统，其中所述pam序列位于所述靶核酸位点的5'。

70.根据权利要求68至69中任一项所述的系统，其中所述pam序列包括5'-ngtn-3'或5'-ngtt-3'。

71.根据权利要求59至70中任一项所述的系统，其中所述cas效应子复合物进一步包括小原核核糖体蛋白亚基s15。

72.根据权利要求71所述的系统，其中所述小原核核糖体蛋白亚基s15包括与seq idno:494-659中的任一者具有至少80％序列同一性的序列。

73.根据权利要求71所述的系统，其中所述2类v型cas效应子和所述tn7型转座酶复合物由包括少于约10千碱基的多核苷酸序列编码。

74.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸中的靶核酸位点中的系统，所述系统包括：

75.根据权利要求74所述的系统，其中所述cas效应子复合物与所述tn7型转座酶复合物非共价地结合。

76.根据权利要求74所述的系统，其中所述cas效应子复合物与所述tn7型转座酶复合物共价地连接。

77.根据权利要求74所述的系统，其中所述cas效应子复合物与所述tn7型转座酶复合物融合。

78.根据权利要求74至77中任一项所述的系统，其中所述货物核苷酸序列侧接有由所述重组酶或转座酶复合物识别的左侧转座酶识别序列和右侧转座酶识别序列。

79.根据权利要求78所述的系统，其中所述左侧重组酶序列包括与seq id no:134中的任一者具有至少80％同一性的序列。

80.根据权利要求78所述的系统，其中所述右侧重组酶序列包括与seq id no:135具有至少80％同一性的序列。

81.根据权利要求74至80中任一项所述的系统，其中所述靶核酸包括与所述cas效应子复合物相容的pam序列。

82.根据权利要求81所述的系统，其中所述pam序列位于距所述靶核酸位点约50个至约70个碱基对处。

83.根据权利要求82所述的系统，其中所述pam序列位于所述靶核酸位点的3'。

84.根据权利要求82所述的系统，其中所述pam序列位于所述靶核酸位点的5'。

85.根据权利要求74至84中任一项所述的系统，其中所述2类v型cas效应子是cas12k效应子。

86.根据权利要求74至85中任一项所述的系统，其中所述2类v型cas效应子包括包含与seq id no:38和108中的任一者具有至少80％同一性的序列的多肽。

87.根据权利要求74至85中任一项所述的系统，其中所述2类v型cas效应子包括包含与seq id no:38和108中的任一者具有至少90％同一性的序列的多肽。

88.根据权利要求74至85中任一项所述的系统，其中所述2类v型cas效应子包括包含seq id no:38和108中的任一者的序列的多肽。

89.根据权利要求74至88中任一项所述的系统，其中tnsb亚基包括包含与seq id no:40或109具有至少80％同一性的序列的多肽。

90.根据权利要求74至89中任一项所述的系统，其中tnsc亚基包括包含与seq id no:39或110具有至少80％同一性的序列的多肽。

91.根据权利要求74至90中任一项所述的系统，其中所述tn7型转座酶复合物包括至少一种包括与seq id no:39-40、109-110和344中的任一者具有至少80％同一性的序列的多肽。

92.根据权利要求74至91中任一项所述的系统，其中所述工程化向导多核苷酸包括与seq id no:115、116、205、206、261、235、260和236中的任一者具有至少80％同一性的序列。

93.根据权利要求74至91中任一项所述的系统，其中所述工程化向导多核苷酸包括包含与seq id no:118、182、183、235和236中的任一者具有至少80％同一性的至少约46-80个连续核苷酸的序列。

94.根据权利要求74至93中任一项所述的系统，其中所述小原核核糖体蛋白亚基s15包括与seq id no:494-659中的任一者具有至少80％序列同一性的序列。

95.根据权利要求74至94中任一项所述的系统，其中所述2类ii型cas效应子和所述重组酶或转座酶复合物由包括少于约10千碱基的多核苷酸序列编码。

96.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸中的靶核酸位点中的系统，所述系统包括：

97.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸中的靶核酸位点中的系统，所述系统包括：

98.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸中的靶核酸位点中的系统，所述系统包括：

99.一种工程化核酸酶系统，其包括：

100.根据权利要求99所述的工程化核酸酶系统，其中所述工程化向导多核苷酸包括与seq id no:12具有至少80％同一性的至少60-80个连续核苷酸。

101.根据权利要求99所述的工程化核酸酶系统，其中所述工程化向导多核苷酸包括与seq id no:11具有至少80％同一性的序列。

102.一种工程化核酸酶系统，其包括：

103.根据权利要求102所述的工程化核酸酶系统，其中所述工程化向导多核苷酸包括包含与seq id no:13-16中的任一者具有至少80％同一性的至少约46-80个连续核苷酸的序列。

104.一种工程化核酸酶系统，其包括：

105.根据权利要求104所述的工程化核酸酶系统，其中工程化向导多核苷酸包括包含与seq id no:90-93、117、151、156-181、209-234、417-460和715-739中的任一者具有至少80％同一性的至少约46-80个连续核苷酸的序列。

106.根据权利要求104或105所述的工程化核酸酶系统，其中所述工程化向导多核苷酸包括与seq id no:111-114、201-206、209、210、255-258、262、263、348、350-353和473-492中的任一者具有至少80％序列同一性的序列。

107.一种工程化核酸酶系统，其包括：

108.根据权利要求107所述的工程化核酸酶系统，其中所述工程化向导多核苷酸包括包含与seq id no:118、182、183、235和236中的任一者具有至少80％同一性的至少约46-80个连续核苷酸的序列。

109.根据权利要求107所述的工程化核酸酶系统，其中所述工程化向导多核苷酸包括与seq id no:111-114、115、116、201-206、209、210、235、236、255-258、260-263、348和350-353中的任一者具有至少80％同一性的序列。

110.一种工程化核酸酶系统，其包括：

111.根据权利要求110所述的工程化核酸酶系统，其中所述工程化向导多核苷酸包括与seq id no:121、122、207和208中的任一者具有至少80％同一性的序列。

112.一种用于将货物核苷酸序列转座到靶核酸位点中的方法，所述方法包括将根据权利要求1至111中任一项所述的系统引入到细胞。

113.一种细胞，其包括根据权利要求1至111中任一项所述的系统。

114.根据权利要求113所述的细胞，其中所述细胞是真核细胞。

115.根据权利要求113所述的细胞，其中所述细胞是哺乳动物细胞。

116.根据权利要求113所述的细胞，其中所述细胞是永生化细胞。

117.根据权利要求113所述的细胞，其中所述细胞是昆虫细胞。

118.根据权利要求113所述的细胞，其中所述细胞是酵母细胞。

119.根据权利要求113所述的细胞，其中所述细胞是植物细胞。

120.根据权利要求113所述的细胞，其中所述细胞是真菌细胞。

121.根据权利要求113所述的细胞，其中所述细胞是原核细胞。

122.根据权利要求113所述的细胞，其中所述细胞是a549、hek-293、hek-293t、bhk、cho、hela、mrc5、sf9、cos-1、cos-7、vero、bsc 1、bsc 40、bmt 10、wi38、hela、saos、c2c12、l细胞、ht1080、hepg2、huh7、k562、原代细胞或其衍生物。

123.根据权利要求113所述的细胞，其中所述细胞是工程化细胞。

124.根据权利要求113所述的细胞，其中所述细胞是稳定细胞。