一种细胞外囊泡长链RNA文库构建方法
技术特征:
1.一种细胞外囊泡长链rna文库的制备方法,其包括:
2.如权利要求1所述的细胞外囊泡长链rna文库的制备方法,其特征在于,所述细胞外囊泡rna为从细胞外囊泡中提取的rna;较佳地,所述细胞外囊泡来源于细胞、组织及体液;更佳地,所述细胞外囊泡来源于细胞上清液、血清、血浆、尿液、脑脊髓液、唾液、鼻分泌液、肺泡冲洗液、乳汁、滑液、精液、宫腔液、胆汁、淋巴液、粪便、脂肪组织、脑组织、羊水、胚胎培养液。
3.如权利要求1所述的细胞外囊泡长链rna文库的制备方法,其特征在于,所述步骤i)还包括:去除细胞外囊泡rna中的dna;
4.如权利要求1所述的细胞外囊泡长链rna文库的制备方法,其特征在于,所述步骤i)中,所述rna片段化包括:通过化学法和/或酶消化法进行rna打断处理;较佳地,rna片段化后,rna片段大小为80~300nt;更佳地,rna在含镁离子的反转录缓冲液中片段化。
5.如权利要求1所述的细胞外囊泡长链rna文库的制备方法,其特征在于,所述步骤ii)包括:使用随机引物反转录并添加3’接头序列,以及模板转换并添加5’接头序列;
6.如权利要求1所述的细胞外囊泡长链rna文库的制备方法,其特征在于,所述步骤iv)中,所述sgrna包括选自如seq id no:30~108所示核苷酸序列的sgrna。
7.如权利要求1所述的细胞外囊泡长链rna文库的制备方法,其特征在于,所述步骤iii)和所述步骤v)中所述的纯化方法为利用磁珠进行纯化;较佳地,利用磁珠纯化后获得的cdna片段大小为200-500bp。
8.如权利要求1所述的细胞外囊泡长链rna文库的制备方法,其特征在于,所述步骤iii)和所述步骤v)中所述的扩增为pcr扩增;较佳地,所述步骤iii)中pcr扩增为低循环数(优选5~7个循环)的pcr扩增,所述步骤v)中pcr扩增为高循环数(优选7~10个循环)的pcr扩增。
9.如权利要求1所述的细胞外囊泡长链rna文库的制备方法,其特征在于,步骤iii)中,进行第一次扩增时,以seq id no:5和6、或seq id no:7和8所示的引物进行扩增,和/或,步骤v)中,进行第二次扩增时,以seq id no:7和8、或seq id no:27和28所示的引物进行扩增。
10.如权利要求1所述的细胞外囊泡长链rna文库的制备方法,其特征在于,所述制备方法还包括:对获得的细胞外囊泡长链rna文库进行质检,和/或测序;
11.一种细胞外囊泡长链rna文库,其通过如权利要求1~10任一项所述的细胞外囊泡长链rna文库的制备方法制备获得。
12.权利要求1~10任一项所述的细胞外囊泡长链rna文库的制备方法的应用,包括用于:
13.一种从细胞外囊泡rna的cdna产物中去除核糖体rna的方法,其包括:利用靶向核糖体rna的sgrna、通过crispr/cas方法去除核糖体rna;较佳地,所述sgrna包括选自如seq idno:30~108所示核苷酸序列的sgrna。
技术总结
本发明提供了一种细胞外囊泡长链RNA文库的制备方法,该方法以细胞外囊泡RNA为模板,使用随机引物反转录,通过“预扩增‑纯化‑再扩增”的方法,结合基于CRISPR/Cas方法的sgRNA处理,获得细胞外囊泡长链RNA文库。本发明也提供了制备获得的细胞外囊泡长链RNA文库及其应用。
技术研发人员:张宏道,吴立刚
受保护的技术使用者:中国科学院分子细胞科学卓越创新中心
技术研发日:
技术公布日:2024/12/10
技术研发人员:张宏道,吴立刚
技术所有人:中国科学院分子细胞科学卓越创新中心
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