含有与BCL6靶向部分连接的E3泛素连接酶结合部分的双官能分子的制作方法

本说明书提供了包含靶蛋白结合部分和e3泛素连接酶结合部分的双官能化合物，以及相关使用方法。所述双官能化合物可用作靶向泛素化，例如b细胞淋巴瘤6蛋白(bcl6)的调节剂，它们被根据本公开的双官能化合物降解和/或以其他方式抑制。

背景技术：

1、大多数小分子药物在紧密和明确界定的口袋中结合酶或受体。另一方面，由于其大接触表面以及所牵涉的浅沟或平坦界面，蛋白质-蛋白质相互作用众所周知难以使用小分子靶向。e3泛素连接酶(其中数百种在人中已知)赋予关于泛素化的底物特异性，并且因此，由于其对于某些蛋白质底物的特异性，是比一般蛋白酶体抑制剂更有吸引力的治疗靶标。e3连接酶配体的开发已证明是挑战性的，部分是由于它们必须破坏蛋白质-蛋白质相互作用的事实。然而，最近的发展已提供了与这些连接酶结合的特异性配体。例如，自从发现第一个小分子e3连接酶抑制剂nutlin以来，已报道了靶向e3连接酶的另外化合物，但该领域仍是发展不完全的。

2、具有令人兴奋的治疗潜力的一种e3连接酶是希佩尔-林道(von hippel-lindau,vhl)肿瘤抑制因子，e3连接酶复合物vcb的底物识别亚基，其也由延伸蛋白b和c、cul2和rbx1组成。vhl的主要底物是缺氧诱导因子1(hif-1α)，其是响应低氧水平上调基因例如促血管生成生长因子vegf和红血细胞诱导细胞因子促红细胞生成素的转录因子。生成针对e3连接酶的底物识别亚基的希佩尔-林道(vhl)的第一个小分子配体，并且获得晶体结构，证实该化合物模拟转录因子hif-1α(vhl的主要底物)的结合模式。

3、小脑蛋白(cereblon)是人体中由crbn基因编码的蛋白质。crbn直向同源物从植物到人都是高度保守的，这强调了它的生理重要性。小脑蛋白与受损的dna结合蛋白1(ddb1)、cullin-4a(cul4a)和cullin调节剂1(roc1)形成e3泛素连接酶复合物。这种复合物使许多其他蛋白质泛素化。通过尚未完全阐明的机制，靶蛋白的小脑蛋白泛素化导致成纤维细胞生长因子8(fgf8)和成纤维细胞生长因子10(fgf10)的水平增加。fgf8依次又调节许多发育过程，例如肢体和听泡形成。净结果是这种泛素连接酶复合物对于胚胎中的肢体生长是重要的。在不存在小脑蛋白的情况下，ddb1与ddb2形成复合物，所述ddb2充当dna损伤结合蛋白。

4、双官能化合物(诸如美国专利申请公布2015-0291562和2014-0356322(以引用方式并入本文)中描述的那些)用于将内源蛋白质募集到e3泛素连接酶上以进行降解。确切地说，本公布提供了双官能或蛋白分解靶向嵌合(protac)化合物，其适用作多种多肽和其他蛋白质的靶向泛素化调节剂，所述多肽和其他蛋白质在靶向泛素化之后被双官能化合物降解和/或以其他方式抑制。

5、本领域一直需要有效治疗与b细胞淋巴瘤6蛋白(bcl6)过表达或聚集相关的疾病。然而，非特异性作用以及不能靶向和调节bcl6仍然阻碍着有效治疗剂的开发。因此，靶向bcl6并影响或增强e3泛素连接酶(例如vhl和小脑蛋白)底物特异性的小分子治疗剂将是非常有用的。

技术实现思路

1、本公开描述了双官能化合物及其使用方法，所述双官能化合物用于将内源蛋白质募集到e3泛素连接酶上以进行降解。确切地说，本公开提供了双官能或蛋白分解靶向嵌合化合物，其适用作多种多肽和其他蛋白质的靶向泛素化调节剂，所述多肽和其他蛋白质在靶向泛素化之后被如本文所述的双官能化合物降解和/或以其他方式抑制。本文所提供化合物的优势在于，与来自几乎任何蛋白质类别或家族的靶向多肽的降解/抑制一致，可以存在广谱药理学活性。此外，本说明书提供了使用有效量的本文所述化合物治疗或改善疾病状况的方法，所述疾病状况例如癌症，例如淋巴瘤、b细胞非霍奇金淋巴瘤、大b细胞淋巴瘤、伯基特氏淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、血管内大b细胞淋巴瘤、b细胞白血病、急性b细胞型淋巴细胞性白血病、慢性髓性白血病、非小细胞肺癌。

2、因此，在一个方面，本公开提供了双官能化合物，该化合物包含e3泛素连接酶结合部分(即，e3泛素连接酶的配体或“ulm”基团)和靶蛋白结合部分(即，蛋白质/多肽靶向配体或“ptm”基团)，使得靶蛋白/多肽被置于泛素连接酶附近以实现该蛋白的降解(和抑制)。在一个优选的实施方案中，ulm(泛素化连接酶调节剂)可以是希佩尔-林道e3泛素连接酶(vhl)结合部分(vlm)，或小脑蛋白e3泛素连接酶结合部分(clm)。例如，双官能化合物的结构可以描绘为：

3、

4、如本文所示的ptm和ulm部分(例如，vlm或clm)的相应位置以及其数目仅以举例的方式提供，并非旨在以任何方式限制所述化合物。如本领域技术人员所理解的，可以合成如本文所述的双官能化合物，使得各个官能部分的数目和位置可以根据需要而变。

5、在某些实施方案中，双官能化合物还包含化学接头(“l”)。在该实例中，双官能化合物的结构可以描绘为：

6、

7、其中ptm是蛋白质/多肽靶向部分，l是接头，例如偶联ptm和ulm的键或化学基团，并且ulm是希佩尔-林道e3泛素连接酶(vhl)结合部分(vlm)，或小脑蛋白e3泛素连接酶结合部分(clm)。

8、例如，双官能化合物的结构可以描绘为：

9、

10、其中：ptm是蛋白质/多肽靶向部分；“l”是偶联ptm和vlm、clm或它们的组合中的至少一种的接头(例如键或化学接头基团)；vlm是与vhl e3连接酶结合的希佩尔-林道(onhippel-lindau)e3泛素连接酶结合部分；并且clm是与小脑蛋白结合的小脑蛋白e3泛素连接酶结合部分。

11、在某些实施方案中，如本文所述的化合物包含多个独立选择的ulm、多个ptm、多个化学接头或它们的组合。

12、在另外的实施方案中，vlm可以是羟脯氨酸或其衍生物。此外，其他设想的vlm包含在美国专利申请公布no.2014/03022523中，如上所述，该申请公布全文并入本文。

13、在一个实施方案中，clm包含衍生自酰亚胺、硫代酰亚胺、酰胺或硫代酰胺的化学基团。在一个具体实施方案中，化学基团是邻苯二甲酰亚胺基团或其类似物或衍生物。在某些实施方案中，clm是沙利度胺、来那度胺、泊马度胺、其类似物、其电子等排物或其衍生物。其他设想的clm在美国专利申请公布no.2015/0291562中有所描述，该申请公布全文并入本文。

14、在某些实施方案中，“l”是键。在另外的实施方案中，接头“l”是具有1至20范围内的线性非氢原子数的连接子。连接子“l”可包含但不限于官能团，例如醚、酰胺、烷烃、烯烃、炔烃、酮、羟基、羧酸、硫醚、亚砜和砜。接头可包含芳族、杂芳族、环状、双环和三环部分。卤素如cl、f、br和i的取代可包含在接头中。在氟取代的情况下，可包含单个或多个氟。

15、在某些实施方案中，vlm是反式-3-羟脯氨酸的衍生物，其中反式-3-羟脯氨酸中的氮和羧酸都被官能化为酰胺。

16、在某些实施方案中，clm是哌啶-2,6-二酮的衍生物，其中哌啶-2,6-二酮可以在3-位被取代，并且3-取代可以是具有c-n键或c-c键的双环杂芳族。clm的实例可以是但不限于泊马度胺、来那度胺和沙利度胺以及它们的衍生物。

17、在另一方面，本说明书提供了治疗组合物，其包含有效量的如本文所述化合物或其盐形式和药学上可接受的载体。治疗组合物调节患者或受试者(例如动物，例如人)中的蛋白质降解和/或抑制，并且可以用于治疗或改善通过降解/抑制的蛋白质调节的疾病状态或状况。在某些实施方案中，如本文所述的治疗组合物可用于实现所关注蛋白质的降解，以治疗或改善疾病，例如癌症。在又一方面，本公开提供了泛素化/降解细胞中的靶蛋白的方法。在某些实施方案中，该方法包括施用如本文所述的双官能化合物，该双官能化合物包含优选通过接头部分连接的ptm和vlm，或ptm和clm，如本文其他地方所述，其中vlm/clm通过接头偶联至ptm以靶向与ptm结合的蛋白质以进行降解。类似地，ptm可通过接头偶联至vlm或clm以靶向蛋白质或多肽进行降解。当靶蛋白被置于e3泛素连接酶附近时，将发生靶蛋白的降解，从而导致靶蛋白的作用的降解/抑制和蛋白质水平的控制。通过本公开提供的蛋白质水平的控制提供了疾病状态或状况的治疗，其通过降低患者细胞中该蛋白质的水平而通过靶蛋白调节。

18、在另一方面，本说明书提供了用于治疗或改善受试者或患者(例如动物，例如人类)的疾病、病症或其症状的方法，该方法包括向有需要的受试者施用组合物，该组合物包含有效量(例如治疗有效量)的本文所述化合物或其盐形式，和药学上可接受的载体，其中所述组合物能够有效治疗或改善受试者的疾病或病症或其症状。

19、在另一方面，本说明书提供了使用根据本公开的化合物鉴别生物系统中的所关注蛋白质降解的影响的方法。

20、前述一般实用领域仅为了举例而给出，并且不希望对本公开的范围和所附权利要求书构成限制。根据本权利要求、说明书和实例，本领域普通技术人员将了解与本公开的组合物、方法和方法相关的另外目的和优点。例如，本公开的各个方面和实施方案可以众多组合利用，所有这些组合都由本说明书明确地加以考虑。这些另外的方面和实施方案明确地包含在本公开的范围内。本文用于阐明本公开的背景并且在特定情况下提供关于实践的另外细节的出版物和其他材料以引用方式并入。