用于修饰植物中的开花时间基因的方法和组合物与流程

1.一种确立大豆植物或其种子应在何处生长的方法，所述方法包括：

2.如权利要求1所述的方法，其中在所述e1基因座和/或所述e1lb基因座的核定位信号(nls)处引入所述突变。

3.如权利要求2所述的方法，其中在所述e1基因座和/或所述e1lb基因座的nls的碱性结构域处引入所述突变。

4.如权利要求2或3所述的方法，其中在所述e1基因座和/或所述e1lb基因座的核定位信号(nls)的两个碱性结构域中的第二碱性结构域处引入所述突变，其中所述第二碱性结构域相对于所述nls的第一碱性结构域在下游。

5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述引入包括用表达盒转化植物细胞，所述表达盒包含：

6.如权利要求5所述的方法，其中所述至少一种grna针对在所述e1基因座和所述e1lb基因座中的一个处的包含所述核定位信号(nls)的第二碱性结构域的靶序列。

7.如权利要求5所述的方法，其中所述至少一种grna针对在所述e1基因座和所述e1lb基因座中的每一个处的包含所述核定位信号(nls)的第二碱性结构域的靶序列。

8.如权利要求5-7中任一项所述的方法，其中所述编码所述定点核酸酶的核酸可操作地连接至所述表达盒的第一启动子，并且其中所述编码所述至少一种grna的核酸可操作地连接至所述表达盒的第二启动子。

9.如权利要求8所述的方法，其中所述表达盒进一步包含可操作地连接至所述第一启动子或所述第二启动子的增强子。

10.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其中所述定点核酸酶选自由以下组成的组：兆核酸酶(mn)、锌指核酸酶(zfn)、转录激活因子样效应物核酸酶(talen)、cas9核酸酶、cfp1核酸酶、dcas9-fokl、dcpf1-fokl、嵌合cas9-胞苷脱氨酶、嵌合cas9-腺嘌呤脱氨酶、嵌合fen1-fokl、和mega-tal、切口酶cas9(ncas9)、嵌合dcas9非fokl核酸酶和dcpfl非fokl核酸酶。

11.如权利要求1所述的方法，其中所述引入所述e1基因座和/或所述e1lb基因座中的突变选自由以下组成的组：等位基因替代、一个或多个碱基插入、一个或多个碱基缺失。

12.如权利要求1所述的方法，其中所述等位基因组合包含以下中的一种或多种：

13.如权利要求1所述的方法，其中在所述e1lb基因座处的所述突变型等位基因对应于seq id no:15、17、19、21和23中的任一个；或编码对应于seq id no:16、18、20、22和24中任一个的突变型e1lb蛋白；并且其中在所述e1基因座处的所述突变型等位基因对应于seq idno:5、7、9、11和13中的任一个；或编码对应于seq id no:6、8、10、12和14中任一个的突变型e1蛋白。

14.如权利要求1-13中任一项所述的方法，其中相对于所述对照植物而言所述后代植物具有经修饰的开花时间和/或成熟时间，并且其中所述对照植物在所述e1基因座和所述e1lb基因座中的每一个处包含野生型等位基因。

15.如权利要求1-14中任一项所述的方法，其中指定开花时间和/或成熟时间的变化包括指定相对于所述对照植物而言所述后代植物的开花时间和/或成熟时间缩短的天数。

16.如权利要求1-16中任一项所述的方法，其中指定所述开花时间的变化包括相对于所述对照植物而言所述后代植物的ve阶段与r1阶段之间的天数减少，和/或其中指定所述成熟时间的变化包括相对于所述对照植物而言所述后代植物的r1阶段与r7或r8阶段之间的天数减少。

17.如权利要求5所述的方法，其中所述引入进一步包括：

18.如权利要求17所述的方法，其中确定所述等位基因组合包括：

19.一种产生具有经修饰的开花时间的大豆植物的方法，所述方法包括：

20.如权利要求19所述的方法，其中将所述编辑引入所述e1基因中包括将多个碱基对缺失引入所述e1基因中，其中所述突变型e1等位基因对应于seq id no:5、7、9、11和13中的任一个，并且编码对应于seq id no:6、8、10、12和14中的任一个的框内缺失突变型e1蛋白或截短的e1蛋白；并且其中将所述编辑引入所述e1lb基因中包括将多个碱基对缺失引入所述e1lb基因中，其中所述突变型e1lb等位基因对应于seq id no:15、17、19、21和23中的任一个，并且编码对应于seq id no:16、18、20、22和24中的任一个的框内缺失突变型e1lb蛋白或截短的e1lb蛋白，其中所述截短的e1蛋白相对于野生型e1蛋白而言没有功能活性，其中所述框内缺失突变型e1蛋白相对于所述野生型e1蛋白而言具有部分功能活性，其中所述截短的e1lb蛋白相对于野生型e1lb蛋白而言没有功能活性，并且其中所述框内缺失突变型e1lb蛋白相对于所述野生型e1lb蛋白而言具有部分功能活性。

21.如权利要求19或20所述的方法，其中将所述编辑引入所述e1基因中包括将所述编辑引入所述e1基因的核定位信号(nls)的第二碱性结构域中；并且其中将所述编辑引入所述e1lb基因中包括将所述编辑引入所述e1lb基因的核定位信号(nls)的第二碱性结构域中。

22.如权利要求19-21中任一项所述的方法，其中将所述编辑引入所述e1基因和/或所述e1lb基因中包括：

23.如权利要求19所述的方法，其中所述经编辑的后代植物的开花时间短于所述对照植物的开花时间。

24.如权利要求19所述的方法，其中所述经编辑的后代植物的相对成熟期组值不同于所述对照植物的相对成熟期组值。

25.一种如权利要求19-24中任一项所述的方法的经编辑的后代植物。

26.一种如权利要求25所述的经编辑的后代植物的另外的后代植物，其中所述另外的后代植物是通过育种或自交获得的。

27.一种具有经修饰的开花时间的非天然存在的大豆植物，所述非天然存在的大豆植物包含选自包括以下的组的等位基因组合：

28.如权利要求27所述的大豆植物，其中所述突变型e1lb等位基因对应于seq id no:15、17、19、21和23中的任一个；或编码对应于seq id no:16、18、20、22和24中任一个的突变型e1lb蛋白；并且其中所述突变型e1等位基因对应于seq id no:5、7、9、11和13中的任一个；或编码对应于seq id no:6、8、10、12和14中任一个的突变型e1蛋白。

29.如权利要求27或28所述的大豆植物，其中通过使用dna修饰酶编辑所述植物的e1lb基因来引入导致部分表达的所述突变型e1lb等位基因或导致表达丧失的所述突变型e1lb等位基因。

30.如权利要求27或28所述的大豆植物，其中通过使用dna修饰酶编辑所述植物的e1基因引入导致部分表达的所述突变型e1等位基因或导致表达丧失的所述突变型e1等位基因。

31.一种育种方法，所述育种方法包括：

32.一种经修饰的大豆植物或其植物部分，所述经修饰的大豆植物或其植物部分在e1基因座和/或e1lb基因座处包含非天然存在的突变型等位基因，其中所述非天然存在的突变型等位基因是经由使用定点核酸酶的基因组修饰引入的。

33.如权利要求32所述的经修饰的大豆植物或其植物部分，其中所述非天然存在的突变型等位基因是纯合突变型等位基因。

34.如权利要求32所述的经修饰的大豆植物或其植物部分，所述经修饰的大豆植物或其植物部分在所述e1基因座和所述e1lb基因座中的每一个处都包含非天然存在的突变型等位基因，其中所述e1基因座和所述e1lb基因座两者都包含纯合突变型等位基因。

35.如权利要求32-34中任一项所述的经修饰的大豆植物或其植物部分，其中相对于未经修饰的野生型e1或e1lb基因等位基因而言，所述突变型等位基因展现出表达或酶活性的降低。

36.如权利要求32-35中任一项所述的经修饰的大豆植物或其植物部分，其中在所述e1基因座或所述e1lb基因座处的所述突变型等位基因包含在由所述基因编码的蛋白质的核定位信号(nls)的第二碱性结构域中的突变。

37.如权利要求32-36中任一项所述的经修饰的大豆植物或其植物部分，其中在所述e1基因座和/或所述e1lb基因座处的所述突变型等位基因包含选自由以下组成的组的一种或多种突变类型：无义突变、框内缺失突变、错义突变、移码突变、剪接位点突变及其任何组合。

38.如权利要求32-37中任一项所述的经修饰的大豆植物或其植物部分，其中在所述e1基因座处的所述突变型等位基因导致以下中的一种：e1蛋白截短、非功能性e1蛋白、功能降低的e1蛋白、所述e1基因中的提前终止密码子以及所述e1基因中的框内缺失；并且其中在所述e1lb基因座处的所述突变型等位基因导致以下中的一种：e1lb蛋白截短、非功能性e1lb蛋白、功能降低的e1lb蛋白、所述e1lb基因中的提前终止密码子以及所述e1lb基因中的框内缺失。

39.如权利要求32-38中任一项所述的经修饰的大豆植物或其植物部分，其中所述经修饰的植物具有比包含未经修饰的野生型e1和/或野生型e1lb基因等位基因的对照植物更少的开花时间。

40.如权利要求39所述的经修饰的大豆植物或其植物部分，其中所述更少的开花时间包括相对于所述对照植物而言在所述经修饰的植物的ve阶段与r1阶段之间更少的天数。

41.如权利要求32-38中任一项所述的经修饰的大豆植物或其植物部分，其中所述经修饰的植物具有比包含未经修饰的野生型e1和/或野生型e1lb基因等位基因的对照植物更少的成熟时间。

42.如权利要求41所述的经修饰的大豆植物或其植物部分，其中所述更少的成熟时间包括相对于所述对照植物而言在所述经修饰的植物的r1阶段与r7阶段之间更少的天数。

43.如权利要求32-42中任一项所述的经修饰的大豆植物或其植物部分，其中所述纯合突变型等位基因包含在所述e1基因座处的选自由以下组成的组的纯合突变：

44.如权利要求43所述的经修饰的大豆植物或其植物部分，其中在所述e1基因座处的所述纯合突变对应于seq id no:5、7、9、11和13中的任一个；或编码对应于seq id no:6、8、10、12和14中任一个的突变型e1蛋白。

45.如权利要求32-42中任一项所述的经修饰的大豆植物或其植物部分，其中所述纯合突变型等位基因包含在所述e1lb基因座处的选自由以下组成的组的纯合突变：

46.如权利要求45所述的经修饰的大豆植物或其植物部分，其中在所述e1lb基因座处的所述纯合突变对应于seq id no:15、17、19、21和23中的任一个；或编码对应于seq idno:16、18、20、22和24中任一个的突变型e1lb蛋白。