猪料肉比性状相关的SNP分子标记及应用

本发明涉及分子生物技术和分子标记，具体为猪料肉比性状相关的snp分子标记及应用。

背景技术：

1、猪是家畜生产中重要的经济动物。一万年来，猪和人类一直有着密切而复杂的关系，野猪出现在东南亚，随后传播到欧亚大陆，家猪源自欧亚野猪的驯化，从驯化到现代育种实践，人类塑造了家猪的基因组(groenen,m.a.,a.l.archibald,h.uenishi,c.k.tuggle,y.takeuchi,m.f.rothschild,c.rogel-gaillard,et al.analyses of piggenomes provide insight into porcine demography and evolution.nature 491,no.7424(nov 15 2012):393-8.)。饲料转化效率是评估动物将饲料转化为生体重的效能的一种指标，通常以饲料转化比率(fcr)来表示。提高猪的饲料转化效率，降低料肉比是猪育种的主要目标，因为饲料占总生产成本的很大比例(singh k m,shah t m,reddy b,etal.taxonomic and gene-centric metagenomics of the fecal microbiome of low andhigh feed conversion ratio(fcr)broilers[j].journal of applied genetics,2014,55:145-154.)。探索发现饲料效率遗传机制的相关分子标记有助于更好的展开猪的育种研究。

2、全基因组关联分析(genome-wide association study,gwas)作为一种关联分析方法，在复杂性状的相关研究中具有比连锁分析效果更好，统计效力更高的优点，最初是1996年由risch和merikangas首次提出的(risch n,merikangas k.the future ofgenetic studies of complex human diseases.[j].science,1996,273(3):350-354.)。gwas是通过ld检测基因分型(或估算的)常见单核苷酸多态性标记和未知因果变异之间的关联的有力工具，全基因组关联分析已经被广泛应用于各类研究，其中包括人类各种复杂疾病以及家畜重要经济性状等等(visscher p m,brown m a,mccarthy m i,et al.fiveyears of gwas discovery[j].the american journal of human genetics,2012,90(1):7-24.)。然而，gwas系统和高分辨率的定位仍然缺乏，特别是在复杂的饲料效率相关性状的背景下。

3、因此，需要借助新的方法探究猪料肉比性状相关的snp分子标记，为猪料肉比性状研究和猪育种提供有价值的参考。

技术实现思路

1、本发明的目的在于，探究猪料肉比性状相关的新的snp分子标记，为猪料肉比性状研究和猪育种提供有价值的参考。

2、有鉴于此，本发明的方案为：

3、本发明一个方面，提出猪料肉比性状相关的snp分子标记，所述的snp分子标记的snp位点包括snp001～snp146，分别对应于猪参考基因组版本sscrofa11.1上的如下位置及突变：

4、

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7、本发明的第二个方面在于。提出第一个方面所述snp分子标记在猪料肉比性状研究和猪育种中的应用。

8、进一步地，所述猪料肉比性状研究为利用第一个方面所述的猪snp分子标记鉴定猪料肉比性状。

9、进一步地，所述猪育种为猪的分子标记辅助育种。

10、进一步地，所述snp分子标记为snp001、snp004、snp007、snp035、snp046、snp070、snp072、snp085、snp093、snp132中的至少一种。

11、本发明的第三个目的在于，提出一种检测猪料肉比性状的方法，步骤包括，检测猪染色体上第一个方面所述的猪snp分子标记的核苷酸突变类型。具体地，根据snp位点依赖引物设计软件，获取用于扩增检测野生型或突变型的引物，通过pcr扩增的方式从而实现基因型的检测，从而判断料肉比性状。

12、本发明的第四个目的在于，提出一种猪的遗传改良方法，确定种猪核心群中种猪的第一个方面所述的snp分子标记，并根据其中一种snp分子标记做出相应的选择：种猪的继代选育猪参考基因组sscrofa11.1版本染色体上的料肉比高的基因型，淘汰料肉比低的基因型。

13、进一步地，所述snp分子标记为snp001、snp004、snp007、snp035、snp046、snp070、snp072、snp085、snp093、snp132。

14、进一步地，所述选育过程如下：

15、对于分子标记snp001，选育2号染色体上23790bp处的ca型或aa型个体，淘汰该点的cc型个体；

16、对于分子标记snp004，选育2号染色体上2169979bp处的ga型个体，淘汰该点的gg型和aa型个体；

17、对于分子标记snp007，选育2号染色体上3171147bp处的tg型或gg型个体，淘汰该点的tt型个体；

18、对于分子标记snp035，选育7号染色体上30133410bp处的ag型或gg型个体，淘汰该点的aa型个体；

19、对于分子标记snp046，选育8号染色体第121639904bp处的aa型或gg型个体，淘汰该点的ag型个体；

20、对于分子标记snp070，选育9号染色体第83692432bp处的ga型或aa型个体，淘汰该点的gg型个体；

21、对于分子标记snp072，选育9号染色体第83985294bp处的ag型或gg型个体，淘汰该点的aa型个体；

22、对于分子标记snp085，选育9号染色体第86560801bp处的tt型或tc型，淘汰该点的cc型个体；

23、对于分子标记snp093，选育9号染色体第97344405bp处的gg型或aa型个体，淘汰该点的ga型个体；

24、对于分子标记snp132，选育16号染色体第32317904bp处的cc型个体，淘汰该点的cg型或gg型个体。

25、进一步地，所述继代选育逐代进行，逐步提高snp位点优势等位基因型的频率，从而改良和提高后代猪的繁殖性状。

26、与现有技术相比，本发明具备以下有益效果：

27、本发明通过筛选得到的snp位点与猪料肉比性状的相关性达到了显著水平，为猪料肉比性状的辅助选择改良提供了新的分子标记，对于猪的辅助选育具有重要意义。

1.猪料肉比性状相关的snp分子标记，其特征在于，所述的snp分子标记的snp位点包括snp001～snp146，分别对应于猪参考基因组版本sscrofa11.1上的如下位置及突变：

2.权利要求1所述snp分子标记在猪料肉比性状研究和猪育种中的应用。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述猪料肉比性状研究为利用权利要求1中所述的猪snp分子标记鉴定猪料肉比性状。

4.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述猪育种为猪的分子标记辅助育种。

5.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述snp分子标记为snp001、snp004、snp007、snp035、snp046、snp070、snp072、snp085、snp093、snp132中的至少一种。

6.一种检测猪料肉比性状的方法，其特征在于，步骤包括，检测猪染色体上权利要求1中所述的猪snp分子标记的核苷酸突变类型。

7.一种猪的遗传改良方法，其特征在于，确定种猪核心群中种猪的权利要求1中所述的snp分子标记，并根据其中一种snp分子标记做出相应的选择：种猪的继代选育猪参考基因组sscrofa11.1版本染色体上的料肉比高的基因型，淘汰料肉比低的基因型。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述snp分子标记为snp001、snp004、snp007、snp035、snp046、snp070、snp072、snp085、snp093、snp132。

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述选育过程如下：

10.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述继代选育逐代进行，逐步提高snp位点优势等位基因型的频率，从而改良和提高后代猪的繁殖性状。