一种鉴定茶树抗旱性的SNP位点、KASP标记及其应用

本发明涉及分子标记辅助选择育种，特别涉及一种鉴定茶树抗旱性的snp位点、kasp标记及其应用。

背景技术：

1、茶树（ camellia sinensis）作为喜温喜湿的常绿叶用植物，其正常的生长发育需要保证充足的水分供应，缺水会导致茶树发生干旱胁迫，使茶叶产量和品质降低，严重时会导致植株死亡，严重制约了中国茶产业的发展。因此，通过开展茶树抗旱研究和选育抗旱茶树新品种是当前应对干旱胁迫的重要策略之一，也是茶产业健康、高效和可持续发展的迫切需要。

2、然而，目前茶树抗旱育种依然以系统选种和杂交育种为主，存在育种效率低、周期长和盲目性高等问题，迫切需要开展育种技术创新工作来加速茶树抗旱育种进程。分子标记辅助育种（mas）作为当前主流的现代分子育种技术，其基于分子标记与目标性状基因紧密相连，通过鉴定分子标记就能快速、准确检测出目标性状基因的存在，可实现基因的直接选择和有效聚合，能大幅提高育种效率，缩短育种年限。目前，现有技术仅应用于茶树重要农艺性状和品质相关性状中，在茶树抗旱性状中仍处于空白。因此，为提高茶树抗旱育种效率，缩短育种时间，改良茶树抗旱育种技术，开发茶树抗旱相关snps分子标记已迫在眉睫。

技术实现思路

1、本发明旨在解决上述问题，提供了一种鉴定茶树抗旱性的snp位点、kasp标记及其应用，克服了现有的茶树抗旱性分子标记缺乏、传统育种耗时年限长等问题。

2、具体的，本申请提供的技术方案如下：

3、第一方面，本申请提供一种鉴定茶树抗旱性的snp位点，所述snp位点位于茶树10号染色体末端第206216541位，碱基多态性为c/t，所述snp位点命名为chr10:206216541(c/t)。

4、第二方面，本发明提供一种用于鉴定茶树抗旱性的snp-kasp标记，所述snp-kasp标记包括如第一方面所述的snp位点chr10:206216541(c/t)。

5、第三方面，本发明还提供了扩增如第二方面所述的snp-kasp标记的引物，所述引物的序列如下：引物f1-fam：5’-gggatggctgggcaggc-3’，如seq id no .1所示；引物f1-hex：5’-gggatggctgggcaggt-3’，如seq id no .2所示；引物r1:5’-cctttgaactgaactcctttgtgcc-3’，如seq id no .3所示。

6、进一步的，所述引物还需添加荧光标签，荧光标签序列如下：

7、fam：5’-gaaggtgaccaagttcatgct-3’，如seq id no .4所示；

8、hex：5’-gaaggtcggagtcaacggatt-3’，如seq id no .5所示。

9、第四方面，本发明还提供了一种利用第二方面所述的snp-kasp标记鉴定茶树抗旱性基因分型的方法，包括以下步骤：

10、s1.提取待测茶树种质资源的基因组dna；

11、s2.利用第三方面所述的引物，将所述待测茶树种质资源的基因组dna在ksap基因分型仪进行pcr扩增；

12、s3.根据pcr扩增后fam和hex荧光信号结果进行鉴定分析，确定待测茶树抗旱性基因分型。

13、进一步的，所述步骤s2中pcr扩增的反应体系包括：1 μl 反应试剂和1 μl dna模板，其中反应试剂按照2×kasp mix（成都瀚辰光翼科技有限责任公司，中国成都）1 μl，两条正向引物各0.04 μl，反向引物 0.12 μl的比例配置240 μl反应试剂体系。

14、进一步的，所述步骤s2中所述pcr扩增的扩增程序为：95℃预变性 10 min；95℃变性 20 s，59℃延伸40 s（-0.6℃/循环），10 个循环；95℃变性 20 s，55℃延伸40 s，25个循环。

15、在上述技术方案基础上，所述s3中茶树抗旱性基因分型包括cc基因型、ct基因型和tt基因型；其中抗旱性最强的茶树种质资源基因型为cc，抗旱性较强的为ct，最弱的则为tt。

16、第五方面，如第一方面所述的snp位点、如第二方面所述snp-kasp标记、如第三方面所述的引物在鉴定茶树抗旱能力以及辅助选择育种中的应用。

17、第六方面，如第四方面任一项所述的方法在辅助选择育种中的应用。

18、本发明具有如下优点/有益效果：

19、1、本发明通过gwas对茶树抗旱相关snp筛选以及相应snp分子标记的开发，得到一个适用于茶树抗旱性检测与分型的snp分子标记及其引物对。

20、2、利用该标记能在dna水平实现已知茶树品种抗旱性评价和优异抗旱茶树种质资源筛选，其中，基因分型结果为tt时，茶树表现为强抗旱性；基因分型结果为ct时，茶树表现为较强抗旱性；基因分型结果为cc时，茶树表现为较弱抗旱性。

21、3、本发明提供的分型鉴定方法所需仪器主要包括基因分型仪以及荧光扫描仪，在常规实验室内即可进行，方法简单易操作，无需处理茶树，无需实地种植，在茶树任何时期均可进行，极大程度缩减了抗旱茶树育种周期，提升了育种效率，改良了茶树抗旱育种技术。

1.一种鉴定茶树抗旱性的snp位点，其特征在于，所述snp位点位于茶树10号染色体末端第206216541位，碱基多态性为c/t，所述snp位点命名为chr10:206216541(c/t)。

2.一种用于鉴定茶树抗旱性的snp-kasp标记，其特征在于，所述snp-kasp标记包括如权利要求1所述的snp位点chr10:206216541(c/t)。

3.扩增如权利要求2所述的snp-kasp标记的引物，其特征在于，所述引物的序列如下：引物f1-fam如seq id no .1所示；引物f1-hex如seq id no .2所示；引物r1如seq id no.3所示。

4.根据权利要求3所述扩增snp-kasp标记的引物，其特征在于，所述引物f1还需添加荧光标签，荧光标签序列如下：

5.一种利用权利要求2所述的snp-kasp标记鉴定茶树抗旱性基因分型的方法，其特征在于，包括以下步骤：

6.根据权利要求5所述的一种鉴定茶树抗旱性基因分型的方法，其特征在于，所述步骤s2中所述pcr扩增的反应体系包括：1 μl 反应试剂和1 μl dna模板，其中反应试剂按照2×kasp mix 1 μl，两条正向引物f1各0.04 μl，反向引物r1 0.12 μl的比例配置240 μl反应试剂体系。

7.根据权利要求5所述的一种鉴定茶树抗旱性基因分型的方法，其特征在于，所述步骤s2中所述pcr扩增的扩增程序为：95℃预变性 10 min；95℃变性 20 s，59℃延伸40 s（-0.6℃/循环），10 个循环；95℃变性 20 s，55℃延伸40 s，25个循环。

8.根据权利要求5所述的一种鉴定茶树抗旱基因分型的方法，其特征在于，所述s3中茶树抗旱性基因分型包括cc基因型、ct基因型和tt基因型。

9.如权利要求1所述的snp位点、如权利要求2所述snp-kasp标记、如权利要求3所述的引物在鉴定茶树抗旱能力以及辅助选择育种中的应用。

10.如权利要求4-8任一项所述的方法在辅助选择育种中的应用。