一种与小麦早抽穗性状相关的分子标记及应用

本发明涉及分子遗传育种领域，特别是涉及一种与小麦早抽穗性状相关的分子标记及应用。

背景技术：

1、抽穗期是决定作物环境适应性和影响作物产量的重要性状。植物抽穗期习性由促进或抑制抽穗开花的基因和环境因子间的相互作用决定。在长期的进化历程中，植物形成了自身对环境的适应机制。它通过叶片感知昼夜节律所带来的光温变化，从而调节自身发育状态的变化。植物的开花就是自身发育状态的重要过程之一，该过程受到许多环境因子的影响，例如光照长度、光质、环境温度、可利用的水分和矿物质等。当植物自身内部时钟节律与其生长的环境相匹配的时候，植物的生长才能达到一个更好的状态。因此，挖掘和合理利用参与抽穗开花的基因对作物生产的发展十分重要。

2、节节麦(aegilops tauschii coss.)是小麦d基因组的供体物种。通过四倍体小麦(aabb)与节节麦(dd)杂交，经加倍，形成人工合成小麦。对人工合成小麦进行育种改良，已经育成了一批小麦新品种，极大的丰富小麦d基因组的遗传多样性。因此，d基因组的基因挖掘和利用对小麦的育种改良显得格外重要。

3、分子标记辅助育种，不依赖于表型选择，即不受环境、基因互作、基因与环境互作等因素的影响，而是直接对基因型进行选择，因而能大大提高育种效率。单核苷酸多态性(snp)指的是基因组内dna某一特定核苷酸位置上存在转换、颠换、插入、缺失等变化而引起的dna序列多态性。其技术是利用己知序列信息来比对寻找snp位点，再利用发掘的变异位点设计特异性的引物来对基因组dna或cdna进行pcr扩增，得到基于snp位点的特定的多态性产物，最后利用电泳技术分析产物的多态性。snp标记的优点是数量多，分布广泛；在单个基因和整个基因组中分布不均匀；snp等位基因频率容易估计。

4、竞争性等位基因特异性pcr技术(kompetitiveallele specific pcr,kasp)是由lgc公司(laboratory ofthe government chemist)(http://www.lgcgenomics.com)研发的低成本、高通量特点的新型基因分型技术，通过引物末端碱基的特异匹配来对snp以及indel位点进行精准的双等位基因分型，在水稻、小麦和大豆等作物的分子标记辅助选择中得到广泛应用。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种与小麦早抽穗性状相关的分子标记及应用，以解决上述现有技术存在的问题。

2、为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

3、本发明提供一种与小麦早抽穗性状相关的分子标记，所述分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示，在第25位存在g/a突变，该位点的基因型包括gg、aa和ga基因型。

4、本发明还提供一种检测所述分子标记的kasp引物组，包括核苷酸序列如seq idno.2所示的上游引物f1、核苷酸序列如seq id no.3所示的上游引物f2和核苷酸序列如seqid no.4所示的下游引物r。

5、本发明还提供一种所述分子标记的检测试剂盒，包含所述的kasp引物组。

6、本发明还提供一种所述的kasp引物组或所述的检测试剂盒在鉴定小麦抽穗期早晚性状中的应用。

7、本发明还提供一种鉴定小麦抽穗期早晚性状的方法，包括如下步骤：

8、以待测小麦样品的基因组dna作为模板，利用所述的kasp引物组或所述的检测试剂盒对模板进行荧光定量pcr扩增，pcr扩增完成后读取荧光信号，解析转换荧光信号，鉴定基因型，根据基因型判断小麦抽穗期的早晚；

9、若鉴定的基因型为aa基因型，则判断待测小麦样品的抽穗期早；若鉴定的基因型为gg基因型，则判断待测小麦样品的抽穗期晚。

10、进一步地，所述荧光定量pcr扩增的程序为：94℃预变性15min；94℃变性20s、65℃复性/延伸60s，共10个循环；94℃变性20s、55℃复性/延伸60s，共30个循环。

11、进一步地，所述荧光定量pcr扩增的体系为：5μlmaster mix、混合引物1.4μl、5ng模板dna、双蒸水加至总量为10μl；所述混合引物中所述上游引物f1、所述上游引物f2和所述下游引物r的体积比为4:4:1。

12、本发明还提供一种所述的kasp引物组或所述的检测试剂盒在筛选早抽穗性状的小麦中的应用。

13、本发明还提供一种所述的kasp引物组或所述的检测试剂盒在分子标记辅助选育早抽穗性状的小麦中的应用。

14、本发明公开了以下技术效果：

15、本发明提供的分子标记与节节麦早抽穗突变体as2388eh的早抽穗基因ehd1极显著相关，呈现紧密连锁标记特征，用于分子标记辅助选择的准确性高，可显著提高在不同遗传背景中筛选含有ehd1早抽穗基因材料的选择鉴定效率，且成功率高。

16、本发明提供的分子标记可用来对节节麦早抽穗这一性状进行定位，也可以在育种过程中快速筛选含有ehd1基因的植株，提高育种工作效率，并为小麦早抽穗基因的研究提供基础。

1.一种与小麦早抽穗性状相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示，在第25位存在g/a突变，该位点的基因型包括gg、aa和ga基因型。

2.一种检测权利要求1所述分子标记的kasp引物组，其特征在于，包括核苷酸序列如seq id no.2所示的上游引物f1、核苷酸序列如seq id no.3所示的上游引物f2和核苷酸序列如seq id no.4所示的下游引物r。

3.一种权利要求1所述分子标记的检测试剂盒，其特征在于，包含权利要求2所述的kasp引物组。

4.一种权利要求2所述的kasp引物组或权利要求3所述的检测试剂盒在鉴定小麦抽穗期早晚性状中的应用。

5.一种鉴定小麦抽穗期早晚性状的方法，其特征在于，包括如下步骤：

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述荧光定量pcr扩增的程序为：94℃预变性15min；94℃变性20s、65℃复性/延伸60s，共10个循环；94℃变性20s、55℃复性/延伸60s，共30个循环。

7.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述荧光定量pcr扩增的体系为：5μlmaster mix、混合引物1.4μl、5ng模板dna、双蒸水加至总量为10μl；所述混合引物中所述上游引物f1、所述上游引物f2和所述下游引物r的体积比为4:4:1。

8.一种权利要求2所述的kasp引物组或权利要求3所述的检测试剂盒在筛选早抽穗性状的小麦中的应用。

9.一种权利要求2所述的kasp引物组或权利要求3所述的检测试剂盒在分子标记辅助选育早抽穗性状的小麦中的应用。