一种绣球花型KASP标记开发方法及其应用与流程
技术特征:
1.一种绣球花型kasp标记的开发方法,其特征在于,包括以下步骤:
2.一种鉴定绣球花型的kasp标记,其特征在于,包括snp1、snp3、snp4、snp8、snp10、snp11和snp12中的一种或多种;
3.一种鉴定绣球花型的kasp引物组合物,包括snp1引物、snp3引物、snp4引物、snp8引物、snp10引物、smp11引物和snp12引物中的一种或多种;
4.一种绣球花型预测方法,其特征在于,具体方法如下:以gwas群体中重测序分型数据和品种及杂交后代中验证分型数据的组合为训练数据集,使用rfimpute函数自动补齐其中少量缺失值;运用gini系数和accuracy系数评估每个snp位点对于绣球花型性状的重要性,筛选出候选snp标记;利用随机森林算法进行模型构建,从候选snp标记中选择3个、4个和5个标记分别进行模型构建,获得不同标记数的最优模型,采用最优模型进行绣球植株的花型预测。
5.根据权利要求4所述的绣球花型预测方法,其特征在于,所述最优模型中3标记模型的标记组合为:snp12、snp8、snp3,4标记模型的标记组合为:snp11、snp1、snp8、snp3,5标记模型的标记组合为:snp10、snp11、snp1、snp8、snp3;
技术总结
本发明公开了一种绣球花型KASP标记的开发方法及其应用。本发明KASP标记的开发方法包括以下步骤:(1)通过GWAS分析获得与花型相关SNP位点基于重测序数据分型数据;(2)对步骤(1)中的数据进行筛选,选择每个Scaffold中‑log10(P)值高的前1~20个SNP位点;(3)在多个绣球品种中,通过DNA测序和KASP两种方法对步骤(2)中筛选的SNP位点进行基因分型验证,最终确认用于绣球花型鉴定的KASP标记。本发明对GWAS分析获得与花型相关SNP位点进行筛选,并通过DNA测序和KASP两种方法进行基因分型验证,由此确认的SNP位点与绣球花型性状相关性更高,为后续的花型育种提供了参考。
技术研发人员:秦俊,刘群录,邱帅,杨君,高凯,张宪权,唐琦琪,李金帅
受保护的技术使用者:上海辰山植物园
技术研发日:
技术公布日:2024/12/5
文档序号 :
【 40237116 】
技术研发人员:秦俊,刘群录,邱帅,杨君,高凯,张宪权,唐琦琪,李金帅
技术所有人:上海辰山植物园
备 注:该技术已申请专利,仅供学习研究,如用于商业用途,请联系技术所有人。
声 明 :此信息收集于网络,如果你是此专利的发明人不想本网站收录此信息请联系我们,我们会在第一时间删除
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