一种与花生含油量相关的SNP位点及其应用

本发明涉及分子生物学，尤其是一种与花生含油量相关的snp位点及其应用。

背景技术：

1、花生(arachis hypogaea l.)是世界上广泛种植的油料作物，其中中国是世界最大的花生生产和消费国，我国约55％的花生总产用于榨油，花生油是国产植物油的第二大来源。然而我国花生油产量远远不能满足市场需求，供给缺口在40％以上，我国花生单产水平已整体较高的情况下，提高花生含油量来增加花生油产量是缓解我国花生油供给矛盾的有效方法。

2、花生含油量属于复杂的数量遗传性状，受多基因调控且易受环境因素的影响，传统的育种技术很难实现这类性状的精准改良。随着花生基因组测序组装完成(bertioli etal.2019；zhuang et al.2019；chen et al.2019)，同时高通量测序成本显著下降，为花生含油量候选基因挖掘和功能标记的开发提供了有利支撑。候选基因是根据已有其他物种的研究结果，或通过特定结构域预测揭示可能与目标性状变异有关的某类基因。通过对群体重测序数据进行分析，得到群体变异位点信息，对群体的表型和变异位点进行关联分析，得到与表型显著关联的变异位点，再通过这些显著关联的变异位点筛选候选基因，结合先前通过比对注释其他物种得到的油脂通路上的基因进一步筛选候选基因，有利于快速挖掘表型的主效及微效基因以及基因上的主要功能位点。

3、尽管目前已经定位了如此大量的与花生含油量相关的qtl。但是，由于绝大多数这些qtl的表型贡献率较小，且在不同年际及环境间重复性差，所以这些qtl难以应用于花生含油量的遗传改良。

4、基于此，本发明利用花生自然群体的高密度snp或indel基因型数据对花生籽仁含油量进行9个环境下的全基因组关联分析，旨在关联到稳定的主要功能位点，并据此开发具有实用意义的分子标记，用于花生籽仁含油量的分子改良。

技术实现思路

1、本发明要解决的技术问题是提供一种与花生含油量相关的snp位点，同时对其在花生含油量相关理论研究和在花生分子育种、农业增产等方面的潜在应用进行技术研究和应用拓展。

2、为解决上述技术问题，本发明所采取的技术方案如下。

3、一种与花生含油量相关的snp位点，所述的snp位点位于花生a07染色体的152042973碱基处，所述的snp位点对应于seq id no.1所示序列自5’末端第31位碱基，该位点具有ag和gg两种基因型，携带所述ag基因型的花生材料的含油量极显著高于携带gg基因型的花生材料。

4、作为本发明的一种优选技术方案，所述用途为基于所述snp位点进行花生含油量发育原理的理论研究，和/或基于所述snp位点进行花生含油量发育的分子调控通路研究；包括：基于所述snp位点，通过位点基因型差异对下游关联的效应分子进行确认、鉴定和/或区分，构建花生含油量分子调控通路；所述效应分子包括但不限于信使rna、蛋白质、关联的生物酶、各种分子调控组件、各种分子信号组件；进一步，在构建花生含油量分子调控通路的基础上识别和确认主效或关键调控节点及其对应的生物大分子或小分子组件。

5、本发明还包括上述花生snp位点的用途，所述用途为基于snp位点并通过现有技术手段开发显得分子标记，并进一步在分子标记辅助选择育种早期对花生含油量表型进行筛选或辅助筛选。

6、本发明还包括上述花生snp位点的用途，所述用途为基于所述snp位点在农业产业上按照生产需求对花生含油量进行调控，包括：提高花生的含油量或降低花生的含油量。

7、本发明还包括一种基因检测试剂盒，用于检测权利要求一中所述的snp位点，所述基因检测试剂盒当中包含与所述snp位点对应的pcr扩增特异引物组合，以及模板dna、缓冲液、dntps其他基因检测必要组件。

8、作为本发明的一种优选技术方案，所述pcr扩增特异引物组合包括：seq id no.2和seq id no.3组成的引物对。

9、本发明还包括一种在育种早期鉴定或辅助鉴定花生含油量的方法，基于所述snp位点，在分子标记辅助选择育种早期，设计引物对待测花生基因组dna中任意一段包含所述snp位点的dna片段进行pcr扩增，通过pcr扩增产物的酶切进行花生基因型的鉴定，并基于基因型与表型的如下关联关系进行花生含油量表型的鉴定或辅助鉴定：所述甲基因型相比乙基因型具有更高的花生含油量；所述pcr扩增的特异性引物对为seq id no.2和seq idno.3组成的引物对

10、作为本发明的一种优选技术方案，所述酶切采用限制性内切酶avrii。

11、作为本发明的一种优选技术方案，所述酶限制性内切酶avrii的识别序列为cctagg。

12、本发明还包括一种用于检测所述snp位点的引物组合，包括：seq id no.2和seqid no.3组成的引物。

13、采用上述技术方案所产生的有益效果在于：本发明课题组利用花生自然群体的高密度snp或indel基因型数据对花生籽仁含油量进行9个环境下的全基因组关联分析，关联到了多个稳定的主要功能位点。其中，值得重视的是新发现的单个非同义突变的变异位点，分别位于a07染色体的152042037、152042706、152042973碱基处，且这三个snp均位于exon上，其中152042037和152042706是纯合突变，152042973是杂合突变。

14、其中，上述第三个突变(即本发明的snp)，经验证构成能够显著影响花生含油量的环境稳定型主效snp位点，能够据此开发实用的低成本的分子标记，用于花生籽仁含油量的分子改良。

1.一种与花生含油量相关的snp位点，其特征在于：所述的snp位点位于花生a07染色体的152042973碱基处，该位点具有ag和gg两种基因型，携带所述ag基因型的花生材料的含油量极显著高于携带gg基因型的花生材料。

2.权利要求1所述的花生snp位点的用途，其特征在于：所述用途为基于所述snp位点进行花生含油量发育原理的理论研究，和/或基于所述snp位点进行花生含油量发育的分子调控通路研究；包括：基于所述snp位点，通过位点基因型差异对下游关联的效应分子进行确认、鉴定和/或区分，构建花生含油量分子调控通路；所述效应分子包括但不限于信使rna、蛋白质、关联的生物酶、各种分子调控组件、各种分子信号组件；进一步，在构建花生含油量分子调控通路的基础上识别和确认主效或关键调控节点及其对应的生物大分子或小分子组件。

3.权利要求1所述的花生snp位点的用途，其特征在于：所述用途为基于snp位点并通过现有技术手段开发显得分子标记，并进一步在分子标记辅助选择育种早期对花生含油量表型进行筛选或辅助筛选。

4.权利要求1所述的花生snp位点的用途，其特征在于：所述用途为基于所述snp位点在农业产业上按照生产需求对花生含油量进行调控，包括：提高花生的含油量或降低花生的含油量。

5.基因检测试剂盒，其特征在于：用于检测权利要求一中所述的snp位点，所述基因检测试剂盒当中包含与所述snp位点对应的pcr扩增特异引物组合，以及模板dna、缓冲液、dntps其他基因检测必要组件。

6.根据权利要求5所述的基因检测试剂盒，其特征在于：所述pcr扩增特异引物组合包括：seq id no.2和seq id no.3组成的引物对。

7.在育种早期鉴定或辅助鉴定花生含油量的方法，其特征在于：基于权利要求1所述snp位点，在分子标记辅助选择育种早期，设计引物对待测花生基因组dna中任意一段包含所述snp位点的dna片段进行pcr扩增，通过pcr扩增产物的酶切进行花生基因型的鉴定，并基于基因型与表型的如下关联关系进行花生含油量表型的鉴定或辅助鉴定：所述甲基因型相比乙基因型具有更高的花生含油量；所述pcr扩增的特异性引物对为seq id no.2和seqid no.3组成的引物对。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于：所述酶切采用限制性内切酶avrii。

9.根据权利要求7所述的方法，其特征在于：所述酶限制性内切酶avrii的识别序列为cctagg。

10.用于检测权利要求1所述snp位点的引物组合，包括：seq id no.2和seq id no.3组成的引物。