用于癌症检测和监测的方法与流程

1.一种用于制备来源于已经被诊断患有癌症的患者的生物样品的经扩增dna的制备物的方法，所述制备物可用于确定癌症的复发或转移，所述方法包括

2.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(a)包括对从所述血液或骨髓样品的血沉棕黄层部分分离的所述dna进行全外显子组测序或全基因组测序，以确定存在或不存在一种或多种chip突变。

3.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(a)包括从自所述血液或骨髓样品的血沉棕黄层部分分离的dna中，对与骨髓病症相关的一组基因组基因座进行富集，以获得经富集的基因组基因座，随后对所述经富集的基因组基因座进行测序，以确定存在或不存在一种或多种chip突变。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中步骤(b)包括对从所述血液或骨髓样品的血浆部分分离的所述细胞游离dna进行全外显子组测序或全基因组测序，以鉴定与所述癌症相关的多种患者特异性体细胞突变。

5.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中步骤(b)包括对从所述患者的肿瘤活检样品分离的所述dna进行全外显子组测序或全基因组测序，以鉴定与所述癌症相关的多种患者特异性体细胞突变。

6.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中步骤(b)包括从自所述血液或骨髓样品的血浆部分分离的所述细胞游离dna中，对与癌症相关的一组基因组基因座进行富集，以获得经富集的基因组基因座，随后对所述经富集的基因组基因座进行测序，以鉴定与所述癌症相关的多种患者特异性体细胞突变。

7.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中步骤(b)包括从自所述患者的肿瘤活检样品分离的所述dna中，对与癌症相关的一组基因组基因座进行富集，以获得经富集的基因组基因座，随后对所述经富集的基因组基因座进行测序，以鉴定与所述癌症相关的多种患者特异性体细胞突变。

8.根据权利要求3所述的方法，其中通过杂交捕获和/或靶向扩增来富集与骨髓病症相关的所述一组基因组基因座。

9.根据权利要求6或7所述的方法，其中通过杂交捕获和/或靶向扩增来富集与癌症相关的所述一组基因组基因座。

10.根据权利要求8或9所述的方法，其中与骨髓病症相关的所述一组基因组基因座组和/或与癌症相关的所述一组基因组基因座组包括外显子、内含子、基因调控区、非编码rna、重排基因或其组合中的一个或多个基因组基因座。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中与所述癌症相关的所述患者特异性体细胞突变包括单核苷酸变体(snv)、多核苷酸变体(mnv)、插入缺失、基因融合、结构变体或其组合。

12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其进一步包括鉴定所述患者的一种或多种种系突变，其中在步骤(c)中扩增的所述靶基因座不涵盖所述一种或多种种系突变。

13.根据权利要求12所述的方法，其中通过对从所述血液或骨髓样品或其部分中的造血细胞分离的所述dna进行测序来鉴定所述一种或多种种系突变。

14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述癌症为腹部或腹壁、肾上腺、肛门、阑尾、膀胱、骨、脑、乳腺、子宫颈、胸壁、结肠、隔膜、十二指肠、耳、子宫内膜、食管、输卵管、胆囊、胃食管结合部、头颈部、肾、喉、肝、肺、淋巴结、恶性积液、纵隔、鼻腔、网膜、卵巢、胰腺、胰胆管、腮腺、骨盆、阴茎、心包、腹膜、胸膜、前列腺、直肠、唾液腺、皮肤、小肠、软组织、脾、胃、甲状腺、舌、气管、输尿管、子宫、阴道、外阴或惠普尔切除部的癌症或肿瘤。

15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中所述癌症为乳腺癌、结直肠癌、胃肠癌、肾癌、肺癌、多发性骨髓瘤、卵巢癌或胰腺癌。

16.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其进一步包括从所述患者纵向收集多个生物样品，并对所述生物样品中的每一者重复步骤(c)和(d)。

17.根据权利要求16所述的方法，其中在所述患者已经接受手术、一线化疗和/或辅助疗法治疗后收集所述多个生物样品。

18.根据权利要求1至17中任一项所述的方法，其中与所述癌症相关的两种或更多种患者特异性体细胞突变的存在以及两种或更多种chip突变的存在指示所述癌症的复发或转移。

19.一种用于制备来源于已经被诊断患有癌症的患者的生物样品的经扩增dna的制备物的方法，所述制备物可用于确定癌症的复发或转移，所述方法包括

20.一种用于对来源于已经被诊断患有癌症的患者的生物样品的dna进行测序的方法，所述方法包括对从所述患者的血液或骨髓样品或其部分中的造血细胞分离的dna进行全外显子组测序或全基因组测序，以确定存在或不存在一种或多种chip突变，以及通过存在一种或多种chip突变将所述患者鉴定为具有疾病进展的高风险。