调节CXCL的组合物和方法与流程

1.一种表达阻遏物，其包含：

2.如权利要求1所述的表达阻遏物，其中该靶位点在基因组坐标chr4:74591400-74593000或chr4:74982639-74983600(基于hg19人基因组参考组装)内。

3.一种表达阻遏物，其包含：

4.如权利要求1-3中任一项所述的表达阻遏物，其中该靶位点选自：

5.如权利要求1-4所述的表达阻遏物，其中该第一靶向部分在选自以下的靶位点上游或下游500、300、200、100或50个核苷酸内结合：

6.一种表达阻遏物，其包含：

7.一种表达阻遏物，其包含：

8.一种表达阻遏物，其包含：

9.一种表达阻遏物，其包含：

10.如权利要求1-4中任一项所述的表达阻遏物，其中该靶序列包含根据seq id no:134的序列。

11.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一效应子部分包含本文所述的效应子，例如，krab、mq1、dnmt1、dnmt3a1、dnmt3a2、dnmt3b1、dnmt3b2、dnmt3b3、dnmt3b4、dnmt3b5、dnmt3b6、dnmt3l、ezh2、hdac8、mecp2、hp1、rbbp4、rest、fog1、suz12、setdb1、setdb2、ehmt2(即g9a)、ehmt1(即glp)、suv39h1、hdac1、hdac2、hdac3、hdac4、hdac5、hdac6、hdac7、hdac8、hdac9、hdac10、hdac11、sirt1、sirt2、sirt3、sirt4、sirt5、sirt6、sirt7、sirt8、sirt9、ezh1、suv39h2、setd8、suv420h1、suv420h2或dnmt3，或其任一个的功能变体或片段。

12.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一效应子部分通过接头连接到该靶向部分。

13.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一效应子部分在该靶向部分的c末端。

14.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一效应子部分在该靶向部分的n末端。

15.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一效应子部分由核苷酸序列编码，该核苷酸序列选自seq id no:10、14、16、18、66、68中任一个，或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列。

16.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一效应子部分包含根据seqid no:11、12、13、15、17、19、67中任一个的氨基酸序列，或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列。

17.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一效应子部分是mq1或其功能变体或片段，例如，其中该第一效应子部分包含seq id no:11或12的氨基酸序列、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列，其中任选地该第一效应子部分在该第一靶向部分的c末端。

18.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一效应子部分是krab或其功能变体或片段，例如，其中该第一效应子部分包含seq id no:13的氨基酸序列、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、99％或100％同一性或与其差异不多于20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个位置的序列，其中任选地该第一效应子部分在该第一靶向部分的c末端。

19.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，其中该效应子部分包含dna甲基转移酶，例如mq1或其片段或变体。

20.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，其中该效应子部分包含转录阻遏物，例如包含krab或其片段或变体。

21.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，其中该靶位点具有15-20、20-25、25-30或30-35个核苷酸的长度。

22.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一靶向部分包含锌指结构域或tal结构域。

23.如权利要求22所述的表达阻遏物，其中该锌指结构域包含1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个锌指(并且任选地不多于11、10、9、8、7、6或5个锌指)。

24.如权利要求22或23所述的表达阻遏物，其中该锌指结构域包含1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-10、2-9、2-8、2-7、2-6、2-5、2-4、2-3、3-10、3-9、3-8、3-7、3-6、3-5、3-4、4-10、4-9、4-8、4-7、4-6、4-5、5-10、5-9、5-8、5-7、5-6、6-10、6-9、6-8、6-7、7-10、7-9、7-8、8-10、8-9、或9-10个锌指。

25.如权利要求22-24中任一项所述的表达阻遏物，其中该锌指结构域包含3、7或9个锌指。

26.如权利要求1-21中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一靶向部分包含crispr-cas结构域。

27.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，该表达阻遏物能够降低多个cxcl基因(例如，2个、3个、4个、5个、6个、7个或8个cxcl基因)的表达。

28.如权利要求27所述的表达阻遏物，该表达阻遏物能够降低cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl4、cxcl5、cxcl6、cxcl7或il-8中的一个或多个(例如，2个、3个、4个、5个、6个、7个或8个)的表达。

29.如权利要求1-28中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一效应子部分是持久效应子部分或瞬时效应子部分。

30.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一靶向部分包含锌指结构域，并且该第一效应子部分包含转录阻遏物，例如krab或其片段或变体。

31.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一靶向部分包含锌指结构域，并且该第一效应子部分包含表观遗传修饰部分，例如dna甲基转移酶，例如mq1或其片段或变体。

32.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一靶向部分包含根据seqid no:114的氨基酸序列，或与其具有至少80％、85％、90％、95％或99％同一性的序列。

33.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，该表达阻遏物包含seq id no:306的氨基酸序列或与其具有至少80％、85％、90％、95％或99％同一性的序列。

34.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，该表达阻遏物包含seq id no:152-161或164-169中任一个的氨基酸序列、或与其具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％同一性的序列、或与其差异不多于20个、19个、18个、17个、16个、15个、14个、13个、12个、11个、10个、9个、8个、7个、6个、5个、4个、3个、2个或1个位置的序列。

35.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物，该表达阻遏物：(i)包含一个或多个核定位信号序列(nls)，或(ii)不包含nls。

36.如前述实施例中任一项所述的表达阻遏物，该表达阻遏物在n末端包含第一nls，例如，其中该第一nls具有seq id no:63或64的序列。

37.如前述实施例中任一项所述的表达阻遏物，其在c末端包含nls，例如第二nls，例如具有seq id no:63或64的序列。

38.如前述实施例中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一和该第二nls具有相同序列。

39.如实施例36-38中任一项所述的表达阻遏物，其中该第一和该第二nls具有不同序列。

40.如前述实施例中任一项所述的表达阻遏物，其中该表达阻遏物与该靶位点的结合增加该cxcl基因座中的位点处的甲基化，例如，增加该cxcl基因座的该e1顺式作用调节元件或该cxcl基因座的该e2顺式作用调节元件处的甲基化。

41.一种系统，其包含：

42.如权利要求41所述的系统，其中该第二表达阻遏物包含：

43.如权利要求42所述的系统，其中第二表达阻遏物结合该cxcl基因座的e1顺式作用调节元件、该cxcl基因座的e2顺式作用调节元件或il8启动子。

44.如权利要求42或43所述的系统，其中该第二靶位点在以下坐标内：grch37：chr4:74606162-74606184，grch37：chr4:74605723-74606223或grch37：chr4:74605223-74606223，或其5'或3'的1kb内。

45.如权利要求42-44中任一项所述的系统，其中该第二靶位点是grch37：chr4:74606162-74606184或chr4:74606039-74606056。

46.如权利要求42-45中任一项所述的系统，其中该第二靶向部分是聚簇的调节间隔短回文重复(crispr)cas结构域。

47.如权利要求42-46中任一项所述的系统，其中该第二靶向部分包含根据seq id no:268的氨基酸序列，或与其具有至少80％、85％、90％、95％或99％同一性的序列。

48.如权利要求42-47中任一项所述的系统，其中该第二表达阻遏物包含根据seq idno:307的氨基酸序列，或与其具有至少80％、85％、90％、95％或99％同一性的序列。

49.如权利要求42-48中任一项所述的系统，其中：

50.一种核酸，其编码如权利要求1-40中任一项所述的表达阻遏物。

51.一种核酸，其编码：如权利要求1-40中任一项所述的第一表达阻遏物，和第二表达阻遏物，例如，降低cxcl基因的表达的第二表达阻遏物，例如，如权利要求41-49中任一项所述的系统的表达阻遏物。

52.一种核酸系统，其包含：

53.如权利要求50-52中任一项所述的核酸或核酸系统，其包含编码该第一靶向部分的区域，其中编码该第一靶向部分的该区域包含seq id no:122-131或194-199中任一个的核苷酸序列或与其具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。

54.如权利要求50-53中任一项所述的核酸或核酸系统，其包含编码该第一效应子部分的区域，其中编码该第一效应子部分的该区域包含seq id no:10、14、16、18、66、68中任一个的核苷酸序列，或与其具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。

55.如权利要求50-54中任一项所述的核酸或核酸系统，其进一步包含编码nls的区域。

56.如权利要求55所述的核酸或核酸系统，其中编码该nls的该区域包含seq id no:63或64的核苷酸序列，或与其具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。

57.如权利要求52-56中任一项所述的核酸系统，其中该第一核酸和该第二核酸是分开的分子。

58.如权利要求52-56中任一项所述的核酸系统，其中该第一核酸和该第二核酸共价连接。

59.如权利要求52-58中任一项所述的核酸系统，其中该第一核酸包含：编码该第一靶向部分的根据seq id no:302的核苷酸序列或与其具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，以及编码该第一效应子结构域的根据seq id no:303的核苷酸序列或与其具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。

60.如权利要求52-59中任一项所述的核酸系统，其中该第二核酸包含：编码该第二靶向部分的根据seq id no:304的核苷酸序列或与其具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列，以及编码该第一效应子结构域的根据seq id no:305的核苷酸序列或与其具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。

61.如权利要求52-60中任一项所述的核酸系统，该核酸系统具有根据seq id no:301的核苷酸序列或与其具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列。

62.如权利要求50-61中任一项所述的核酸或核酸系统，其包含dna或rna(例如，mrna)。

63.一种载体，其包含如权利要求50-62中任一项所述的核酸或核酸系统。

64.一种药物组合物，其包含如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物、核酸或核酸系统。

65.如权利要求64所述的药物组合物，其包含lnp，例如，其中该核酸或核酸系统被配制为lnp。

66.一种人细胞，其包含：如权利要求1-40中任一项所述的表达阻遏物、如权利要求50-62中任一项所述的核酸或核酸系统、或如权利要求63所述的载体。

67.一种具有降低的cxcl基因表达的人细胞，其中该细胞是通过包括以下的方法产生的：使该细胞与如权利要求1-40中任一项所述的表达阻遏物、如权利要求50-62中任一项所述的核酸或核酸系统或如权利要求63所述的载体接触。

68.如权利要求67所述的人细胞，其中该人细胞具有第一和第二cxcl基因的降低的表达。

69.如权利要求67或68所述的人细胞，其中该人细胞具有第三cxcl基因的降低的表达。

70.如权利要求67-69中任一项所述的人细胞，其中该人细胞具有第四cxcl基因的降低的表达。

71.如权利要求67-70中任一项所述的人细胞，其中该人细胞具有第五cxcl基因的降低的表达。

72.如权利要求67-71中任一项所述的人细胞，其中该人细胞具有第六cxcl基因的降低的表达。

73.如权利要求67-72中任一项所述的人细胞，其中该人细胞具有第七cxcl基因的降低的表达。

74.如权利要求67-73中任一项所述的人细胞，其中该人细胞具有第八cxcl基因的降低的表达。

75.如权利要求67-74中任一项所述的人细胞，其中该人细胞具有cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl4、cxcl5、cxcl6、cxcl7、或il-8中的一个或多个(例如，2个、3个、4个、5个、6个、7个或8个)的降低的表达。

76.如权利要求67-75中任一项所述的人细胞，其中该人细胞具有cxcl1、cxcl2、cxcl3和il8中的一个或多个的降低的表达。

77.一种降低细胞中一个或多个cxcl基因的表达的方法，该方法包括使该细胞与如权利要求1-40中任一项所述的表达阻遏物、如权利要求41-49中任一项所述的系统、如权利要求50-62中任一项所述的核酸或如权利要求63所述的载体接触。

78.一种降低细胞中一个或多个cxcl基因的表达的方法，该方法包括使该细胞与表达阻遏物或包含编码该表达阻遏物的序列的核酸接触，其中该表达阻遏物包含：

79.如权利要求77或78所述的方法，其中该靶位点在基因组坐标chr4:74591400-74593000或chr4:74982639-74983600(基于hg19人基因组参考组装)内。

80.如权利要求77-79中任一项所述的方法，其中cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl4、cxcl5、cxcl6、cxcl7或il-8中的一个或多个(例如，2、3、4、5、6、7或8个)的表达降低。

81.如权利要求77-80中任一项所述的方法，其中表达降低持续至少1、2、3、4、5、6、7、10或14天，或至少1、2、3、4或5周。

82.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物、人细胞、系统或方法，其中该细胞是患有炎性疾病，例如免疫介导的炎性疾病的受试者的细胞。

83.如权利要求82所述的表达阻遏物、人细胞、系统或方法，其中该炎性疾病是自身免疫障碍，例如类风湿性关节炎。

84.如权利要求82或83所述的表达阻遏物、人细胞、系统或方法，其中该炎性疾病与病原体感染，例如病毒感染，例如sars-cov2感染有关。

85.如权利要求82-84中任一项所述表达阻遏物、人细胞、系统或方法，其中该炎性疾病与重叠感染有关，该重叠感染是例如由两种或更多种病原体，例如病毒和细菌(例如，sars-cov2和肺炎链球菌)，例如病毒和真菌(例如，sars-cov2和毛霉菌病)引起的感染。

86.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物、人细胞、系统或方法，其中该细胞是患有类风湿性关节炎、炎症、关节炎、痛风、哮喘、中性粒细胞型哮喘、中性粒细胞型皮肤病、足肿胀、急性呼吸系统疾病综合征(ards)、covid-19、银屑病、炎性肠病、感染(例如，由病原体，例如细菌、病毒或真菌引起的)、外伤(例如，擦伤或异物)、辐射或化学损伤的影响、骨关节炎、骨关节炎性关节疼痛、关节疼痛、炎性痛、急性痛、慢性痛、膀胱炎、支气管炎、皮炎、皮肤病、心血管疾病、神经退行性疾病、肝病、肺病、肾病、疼痛、肿胀、僵硬、压痛、发红、发热或与疾病状态相关的生物标志物(例如，细胞因子、趋化因子、生长因子、免疫受体、感染标志物或炎症标志物)升高的受试者的细胞。

87.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物、人细胞、系统或方法，其中该细胞是患有类风湿性关节炎、银屑病或炎性肠病的受试者的细胞。

88.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物、人细胞、系统或方法，其中该细胞是患有类风湿性关节炎、痛风、中性粒细胞型哮喘、中性粒细胞型皮肤病、急性呼吸系统疾病综合征(ards)或covid-19的受试者的细胞。

89.如权利要求1-81中任一项所述表达阻遏物、人细胞、系统或方法，其中该细胞是患有癌症的受试者的细胞。

90.如权利要求89所述的表达阻遏物、人细胞、系统或方法，其中该癌症是肺癌(例如，非小细胞肺癌)、乳腺癌、肝细胞癌(hcc)、前列腺癌、结肠癌、皮肤癌、宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜样癌、子宫内膜癌、成熟b细胞淋巴瘤、膀胱癌、食管胃癌、食管腺癌、骨癌、黑素瘤、肝胆管癌、甲状腺癌、成熟b细胞肿瘤、神经胶质瘤、头颈鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、胰腺癌(例如，胰腺导管腺癌)、肉瘤、或胃腺癌。

91.如前述权利要求中任一项所述的表达阻遏物、人细胞、系统或方法，其中该细胞位于受试者体内。

92.如权利要求77-90中任一项所述的方法，其中该细胞是离体的。

93.如权利要求77-92中任一项所述的方法，其中该细胞是哺乳动物细胞，例如人细胞。

94.如权利要求77-93中任一项所述的方法，其中该细胞是体细胞。

95.如权利要求77-94中任一项所述的方法，其中该细胞是原代细胞。

96.如权利要求77-95中任一项所述的方法，其中该接触步骤离体进行。

97.如权利要求96所述的方法，其进一步包括在该接触步骤之前，从受试者中取出该细胞(例如哺乳动物细胞)的步骤。

98.如权利要求96或87所述的方法，其中该方法进一步包括在该接触步骤之后的步骤(b)向受试者施用这些细胞(例如，哺乳动物细胞)。

99.如权利要求77-95中任一项所述的方法，其中该接触步骤包括向受试者施用包含该表达阻遏物的组合物。

100.如权利要求99所述的方法，其中该表达阻遏物作为单一疗法施用。

101.如权利要求99所述的方法，其中该表达阻遏物与第二治疗剂组合施用。

102.一种反应混合物，其包含如权利要求1-49中任一项所述的细胞(例如，人细胞，例如，原代人细胞)和表达阻遏物或系统。

103.一种治疗患有炎性障碍的受试者的方法，该方法包括：

104.如权利要求103所述的方法，其中该炎症障碍是类风湿性关节炎、银屑病或炎性肠病。

105.如权利要求103或104所述的方法，其中该炎性障碍是类风湿性关节炎、痛风、中性粒细胞型哮喘、中性粒细胞型皮肤病、急性呼吸系统疾病综合征(ards)、酒精性肝炎、慢性阻塞性肺病(copd)或covid-19。

106.如权利要求103-105中任一项所述的方法，其中该炎性障碍是自身免疫障碍，例如类风湿性关节炎。

107.如权利要求103-106中任一项所述的方法，其中该炎性疾病与病原体感染，例如病毒感染，例如sars-cov2感染有关。

108.如权利要求103-107中任一项所述的方法，其中该炎性疾病与重叠感染有关，该重叠感染是例如由两种或更多种病原体，例如病毒和细菌(例如，sars-cov2和肺炎链球菌)，例如病毒和真菌(例如，sars-cov2和毛霉菌病)引起的感染。

109.一种治疗患有癌症的受试者的方法，该方法包括：

110.如权利要求109所述的方法，其中该癌症是肺癌(例如，非小细胞肺癌)、乳腺癌、肝细胞癌(hcc)、前列腺癌、结肠癌、皮肤癌、宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜样癌、子宫内膜癌、成熟b细胞淋巴瘤、膀胱癌、食管胃癌、食管腺癌、骨癌、黑素瘤、肝胆管癌、甲状腺癌、成熟b细胞肿瘤、神经胶质瘤、头颈鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、胰腺癌(例如，胰腺导管腺癌)、肉瘤、或胃腺癌。

111.如权利要求77-101或103-110中任一项所述的方法，其中该受试者具有包含以下的e1顺式作用调节元件序列：seq id no:162的序列或相对于其具有不多于8、7、6、5、4、3、2或1个改变的序列。

112.如权利要求77-101或103-110中任一项所述的方法，其中该受试者具有包含以下的e2顺式作用调节元件序列：seq id no:163的序列或相对于其具有不多于8、7、6、5、4、3、2或1个改变的序列。