一种鉴定茶树子房壁有无茸毛的SNP标记、引物组及其应用

本发明涉及生物分子标记，尤其涉及一种鉴定茶树子房壁有无茸毛的snp标记、引物组及其应用。

背景技术：

1、茶树是一类全球广泛种植的经济作物，主要以原辅材料的形式用于食品、饮料的生产。在分类学上，茶树物种指山茶科(theaceae)山茶属(genus camellia linn.)中茶组(sec.thea(l.)dyer)植物。茶组植物可根据子房壁茸毛有无等性状继续细分为多个种，如张宏达将茶组植物分为4个系32种，而闵天禄则将茶组植物分为12种6变种。一直以来，茶树种类的鉴别与育种利用是推动茶产业持续发展的重要基石。

2、茶树种群性状存在遗传多样性和环境可塑性的特点。同时，不同种类茶树间偶然出现自然杂交现象，其遗传后代性状杂合。一方面，在茶树种类的鉴定过程中，仅依赖形态学手段往往难以准确把握。例如，生长于重庆的南川大茶树(c.nanchuanica)，是一个子房壁无茸毛(又称秃房)的茶树种群，少量与子房壁含茸毛的茶树种杂交后产生可育子代，其子代通常表现出子房壁含茸毛的性状。在早期的分类鉴定中，这类杂交个体被误认为是茶树新种。另一方面，这类种间杂交的少数茶树个体，可能产生或者组合优势性状，在育种层面上是宝贵的材料。然而，对于种间杂交后代的准确鉴定，目前仍然缺乏有效的技术手段。

3、为此，设计鉴定茶树子房壁有无茸毛的snp标记、kasp引物组及其应用，为上述技术问题提供一种新的技术方案。

技术实现思路

1、基于此，有必要针对上述技术问题，提供鉴定茶树子房壁有无茸毛的snp标记、引物组及其应用，用于对上述背景技术提出的技术问题进行解决。

2、为了解决上述的技术问题，本发明采用了如下技术方案：

3、一种鉴定茶树子房壁有无茸毛的snp标记，所述snp标记包括：序列表seq id no.1的第301位核苷酸；

4、所述seq id no.1的第301位核苷酸即为茶树chr9染色体第89939207位位点。

5、用于扩增所述的snp标记的引物组，其特征在于，所述引物组的核苷酸序列包括：

6、seq id no.2：

7、aaggtgacc aagttcatgc tgtatcagaa cctccccttg ccaact

8、seq id no.3：

9、gaaggtcgga gtcaacggattgtatcagaa cctccccttg ccaacg

10、seq id no.4：

11、ctttaatgta agcggtggag ttaatacc。

12、上述的snp标记的应用，所述应用包括以下中的至少一种：

13、(1)对南川大茶树子房壁有无茸毛的性状进行基因分型；

14、(2)对南川大茶树种群中子房壁含茸毛种间杂交个体的筛选。

15、作为本发明提供的所述的一种snp标记在鉴定茶树子房壁茸毛有无中应用的一种优选实施方式，步骤如下：

16、s1：提取南川大茶树材料的dna；

17、s2：以提取的dna为模板，利用权利要求2的引物组进行pcr扩增反应；

18、s3：获取荧光信号进行基因分型，当南川大茶树chr9染色体第89939207位位点荧光信号基因分型为gg时指子房壁无茸毛个体，为tg时指子房壁含茸毛种间杂交个体。

19、作为本发明提供的所述的一种snp标记在鉴定茶树子房壁茸毛有无中应用的一种优选实施方式，步骤如下：

20、s1：提取不同茶树种或品种材料的dna；

21、s2：以提取的dna为模板，利用权利要求2的引物组进行pcr扩增反应；

22、s3：获取荧光信号进行基因分型，当茶树材料chr9染色体第89939207位位点荧光信号基因分型为gg时指子房壁无茸毛茶树，为tt时指子房壁含茸毛茶树。

23、作为本发明提供所述的一种snp标记在鉴定茶树子房壁有无茸毛中应用的一种优选实施方式，步骤如下：所述s2中，pcr的总反应体积为5μl，包括1.25μl dna(浓度在10ng/μl左右)、2.5μl 2xkasp mastermix和1.25μl混合引物。

24、作为本发明提供的所述的一种snp标记在鉴定茶树子房壁有无茸毛中应用的一种优选实施方式，步骤如下：所述s2中，pcr扩增反应条件如下：95℃10min；95℃20s，61-55℃1min 10个循环；95℃20s，55℃1min，27个循环；25℃30s。

25、作为本发明提供的所述的一种snp标记在鉴定茶树子房壁有无茸毛中应用的一种优选实施方式，步骤如下：所述s2中，pcr扩增反应在cfx connecttm real-time system仪器上进行。

26、本发明提供的茶树染色体编号及snp标记位点参考tea plant informationarchive(tpia)数据库2020年最新更新数据，具体应用中如参考茶树基因组有所调整应与本发明中参考基因组数据对齐为准。

27、可以毫无疑义的看出，通过本申请的上述的技术方案，可有效解决本申请要解决的技术问题。

28、同时，通过以上技术方案，本发明至少具备以下有益效果：

29、1、本发明提供的一种鉴定茶树子房壁有无茸毛的snp标记、引物组及其应用，采用的kasp检测方法操作简便、快速高效、成本低廉、精确性高，可以在短时间内完成大量茶树材料的基因分型，有利于大规模茶树种质资源的鉴定、筛选和育种工作。

30、2、采用本发明提供的茶树snp标记、特异性扩增引物及kasp检测方法能够快速、准确地通过基因分型筛选出南川大茶树种群中子房壁含茸毛种间杂交个体，以及判断不同茶树种或品种子房壁茸毛存在与否。

31、3、本发明提供的snp标记和引物组不仅适用于南川大茶树种群种间杂交后代的筛选，还可用于分类学上不同茶树种或品种子房壁茸毛有无性状的鉴定，具有较高的通用性。

1.一种鉴定茶树子房壁有无茸毛的snp标记，其特征在于，所述snp标记包括：序列表seq id no.1的第301位核苷酸；

2.用于扩增权利要求1所述的snp标记的引物组，其特征在于，所述引物组的核苷酸序列包括：

3.如权利要求1所述的snp标记的应用，其特征在于，所述应用包括以下中的至少一种：

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，对南川大茶树子房壁有无茸毛的性状进行基因分型，包括：

5.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，对南川大茶树种群中子房壁含茸毛种间杂交个体的筛选，包括：

6.根据权利要求4或权利要求5所述的应用，其特征在于，所述s2中，pcr的总反应体积为5μl，包括1.25μl dna、2.5μl 2x kasp mastermix和1.25μl混合引物。

7.根据权利要求4或权利要求5所述的应用，其特征在于，所述s2中，pcr扩增反应条件如下：95℃10min；95℃20s，61-55℃1min 10个循环；95℃20s，55℃1min，27个循环；25℃30s。

8.根据权利要求4或权利要求5所述的应用，其特征在于，所述s2中，pcr扩增反应在cfxconnecttm real-time system仪器上进行。